More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3180 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_3180  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 241 aa  478  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000913233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3127  hypothetical protein  63.36 
 
 		 242 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.339021 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08160  LysR family regulator  57.71 
 
 		 276 aa  218  7e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0863613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1818  transcriptional regulator, LysR family  56.54 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2045  LysR family transcriptional regulator  55.39 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.416404  normal  0.715968 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4302  LysR family transcriptional regulator  54.59 
 
 		 229 aa  193  3e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1918  transcriptional regulator, LysR family  52.79 
 
 		 247 aa  188  5e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0105994 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1867  LysR family transcriptional regulator  53.43 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.749679  normal  0.902128 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1820  LysR family transcriptional regulator  53.43 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.822688  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1801  LysR family transcriptional regulator  53.43 
 
 		 237 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.557057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1897  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 269 aa  179  4e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.843455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2644  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 306 aa  164  9e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.539905  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0048  transcriptional regulator, LysR family  43.78 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0541  transcriptional regulator, LysR family  42.5 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066395 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0059  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2610  LysR, substrate-binding  44.62 
 
 		 197 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.175126  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13200  LysR family regulator  33.33 
 
 		 181 aa  102  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0261452  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0846  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 301 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0609  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 299 aa  62  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 316 aa  62  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  33.14 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  25.54 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.02 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2571  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000871152  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  27.47 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.47 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.47 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.47 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.47 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  27.47 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4518  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 302 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2323  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 309 aa  59.3  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 305 aa  58.9  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5230  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.208833  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3313  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5054  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 289 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 294 aa  55.5  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 306 aa  55.1  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  55.1  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 301 aa  54.7  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 300 aa  54.7  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  32.21 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 319 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 322 aa  54.3  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 323 aa  53.9  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 298 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 302 aa  53.5  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 319 aa  53.1  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 298 aa  53.1  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 297 aa  53.5  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 297 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0066  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 303 aa  53.1  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6051  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 327 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 300 aa  53.1  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3228  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 304 aa  53.1  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.493428 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 319 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 304 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 304 aa  53.1  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 319 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 319 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 316 aa  52.4  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 289 aa  52.4  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 319 aa  52.4  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 302 aa  52.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  29.44 
 
 		 317 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  22.6 
 
 		 300 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 301 aa  51.2  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2726  transcriptional regulator CysB-like protein  31.33 
 
 		 313 aa  51.6  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 300 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  50.8  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 309 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 300 aa  50.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.73 
 
 		 294 aa  50.8  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.56 
 
 		 300 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 312 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 319 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2230  LysR substrate-binding protein  29.14 
 
 		 313 aa  50.1  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4429  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 296 aa  50.4  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.771515  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1719  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 325 aa  50.1  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.553027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  20.22 
 
 		 297 aa  50.1  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.31 
 
 		 300 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 301 aa  49.7  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 319 aa  49.7  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 299 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 315 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 296 aa  49.7  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>