35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2010 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2010  porin  100 
 
 		 347 aa  708    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  25.43 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  29.78 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0613  porin  29.78 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  29.33 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  25.08 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  31.87 
 
 		 355 aa  57  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  27.03 
 
 		 350 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  27.69 
 
 		 333 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2545  porin  27.78 
 
 		 373 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000114495  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2365  porin  33.98 
 
 		 361 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.132494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0238  porin  33.33 
 
 		 362 aa  52.8  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  22.25 
 
 		 372 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2472  porin  37.63 
 
 		 358 aa  49.7  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  30.77 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4215  porin  22.95 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.489674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2206  outer membrane porin  32.54 
 
 		 387 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0690503  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  28.97 
 
 		 382 aa  48.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  31.82 
 
 		 319 aa  47.4  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  27.03 
 
 		 348 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0677  porin  29.51 
 
 		 350 aa  46.6  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  26.37 
 
 		 348 aa  46.2  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  21.92 
 
 		 350 aa  45.4  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  34.09 
 
 		 339 aa  44.7  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  31.25 
 
 		 392 aa  44.3  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  22.04 
 
 		 349 aa  43.5  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1666  porin Gram-negative type  27.54 
 
 		 379 aa  43.5  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000017605  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  32.14 
 
 		 382 aa  43.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  26.89 
 
 		 383 aa  43.1  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  31.25 
 
 		 345 aa  43.5  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  32.98 
 
 		 351 aa  42.7  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  29.07 
 
 		 314 aa  42.7  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  31.25 
 
 		 344 aa  42.7  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0545  OmpC family outer membrane porin  25.91 
 
 		 352 aa  42.7  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  30 
 
 		 347 aa  42.7  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>