89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_0227 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 217 aa  436  1e-121  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.34 
 
 		 219 aa  244  4.9999999999999997e-64  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.502749  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1151  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.05 
 
 		 218 aa  231  6e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0827  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.13 
 
 		 217 aa  223  1e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.027438  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1421  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.51 
 
 		 220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.84 
 
 		 218 aa  187  8e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.234547  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0171  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.84 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.84 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0162  protein of unknown function DUF558  39.19 
 
 		 222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0506655  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1911  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.42 
 
 		 249 aa  58.5  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.67 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.87 
 
 		 257 aa  55.1  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.04 
 
 		 251 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 		 250 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.78 
 
 		 243 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  24.45 
 
 		 250 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  24.02 
 
 		 250 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  29.2 
 
 		 250 aa  52.4  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.79 
 
 		 243 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.27 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.79 
 
 		 243 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  26.79 
 
 		 246 aa  51.6  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.79 
 
 		 243 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.94 
 
 		 245 aa  51.2  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.25 
 
 		 243 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  24.23 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.49 
 
 		 247 aa  50.8  0.00001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.79 
 
 		 243 aa  50.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.25 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.43 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.11 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  23.77 
 
 		 247 aa  50.1  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.26 
 
 		 228 aa  50.1  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.81 
 
 		 243 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.12 
 
 		 244 aa  49.3  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.81 
 
 		 243 aa  49.3  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 226 aa  48.9  0.00005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 		 241 aa  49.3  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  24.22 
 
 		 245 aa  48.9  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  24.41 
 
 		 265 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 		 251 aa  48.9  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  24.27 
 
 		 242 aa  48.9  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.53 
 
 		 246 aa  48.5  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.5 
 
 		 245 aa  48.5  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1403  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.12 
 
 		 222 aa  48.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.58 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.68 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.98 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.312887  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  24.06 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.56 
 
 		 251 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  21.74 
 
 		 251 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.33 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.4 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  24.85 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  24.52 
 
 		 267 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  26.67 
 
 		 242 aa  45.1  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  26.32 
 
 		 244 aa  45.1  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.24 
 
 		 251 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.51 
 
 		 261 aa  44.3  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.07 
 
 		 244 aa  44.3  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.24 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  23.23 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.98 
 
 		 251 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.85 
 
 		 243 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.2 
 
 		 259 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.2 
 
 		 259 aa  43.5  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.06 
 
 		 248 aa  43.1  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.2 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.76 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.2 
 
 		 259 aa  43.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.35 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.43 
 
 		 244 aa  42.7  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.82 
 
 		 251 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.86 
 
 		 248 aa  42  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 		 210 aa  42  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.86 
 
 		 285 aa  41.6  0.009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.11 
 
 		 244 aa  41.6  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>