More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5259 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
301 aa  598  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  96.01 
 
 
301 aa  554  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.11 
 
 
298 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.88 
 
 
296 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.62 
 
 
298 aa  399  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  73.33 
 
 
295 aa  394  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.79 
 
 
294 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.31 
 
 
294 aa  393  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  65.03 
 
 
300 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.32 
 
 
295 aa  364  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.76 
 
 
294 aa  359  4e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.5 
 
 
297 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.5 
 
 
298 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.64 
 
 
273 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.72 
 
 
278 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  61.38 
 
 
278 aa  318  9e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.34 
 
 
278 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.44 
 
 
273 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  57.24 
 
 
272 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  48.98 
 
 
281 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  49.66 
 
 
296 aa  258  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  35.51 
 
 
281 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
283 aa  155  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  30.95 
 
 
264 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
264 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.94 
 
 
275 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
263 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.17 
 
 
269 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  28 
 
 
266 aa  97.4  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  29.28 
 
 
285 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
275 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
275 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.64 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
275 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
268 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.71 
 
 
274 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  28.23 
 
 
266 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
268 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  28.25 
 
 
266 aa  94  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.34 
 
 
284 aa  94  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
268 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.07 
 
 
282 aa  93.2  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.93 
 
 
264 aa  92.8  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  29.5 
 
 
286 aa  92.4  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.92 
 
 
287 aa  92.4  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.41 
 
 
268 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
275 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
264 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
267 aa  92  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.14 
 
 
273 aa  92  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.82 
 
 
260 aa  90.9  2e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
272 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.27 
 
 
256 aa  90.9  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
272 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  29.18 
 
 
288 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  27.27 
 
 
256 aa  90.9  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.02 
 
 
271 aa  90.1  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501419  hitchhiker  0.00965408 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.03 
 
 
271 aa  90.1  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  27.83 
 
 
293 aa  89.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  27.34 
 
 
265 aa  89.4  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
266 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  28.26 
 
 
266 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.26 
 
 
266 aa  89  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
285 aa  89  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
268 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
281 aa  89  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.65 
 
 
282 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.62 
 
 
268 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.65 
 
 
282 aa  87.8  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
282 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
278 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.95 
 
 
270 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  28.2 
 
 
265 aa  87  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
277 aa  87  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.41 
 
 
270 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.608354  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.41 
 
 
286 aa  86.7  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.02 
 
 
264 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  30.04 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.37 
 
 
275 aa  85.5  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  30.04 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  30.04 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  30.04 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  30.04 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.64 
 
 
261 aa  85.5  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  30.04 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  26.94 
 
 
284 aa  84.3  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  31.32 
 
 
289 aa  84.3  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>