More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4324 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4324  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  65.7 
 
 		 230 aa  257  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  58.79 
 
 		 230 aa  237  8e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.94 
 
 		 234 aa  231  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.67 
 
 		 234 aa  224  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3969  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 		 243 aa  204  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.162736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  52 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.46 
 
 		 233 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  46.27 
 
 		 235 aa  178  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 233 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 233 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  46.34 
 
 		 236 aa  177  7e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 231 aa  177  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  45.45 
 
 		 233 aa  177  9e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  44.22 
 
 		 233 aa  175  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 233 aa  173  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 233 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 		 237 aa  170  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 236 aa  170  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 233 aa  169  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  44.72 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  41.71 
 
 		 233 aa  168  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 234 aa  168  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  43.63 
 
 		 233 aa  168  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  43.07 
 
 		 231 aa  167  9e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 222 aa  167  9e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  42.16 
 
 		 235 aa  166  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.93 
 
 		 231 aa  166  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  42.44 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  43.07 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.07 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.07 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  45.11 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.92 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  43.06 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  42.44 
 
 		 239 aa  165  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 		 231 aa  165  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  42.44 
 
 		 239 aa  165  4e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  46.97 
 
 		 229 aa  164  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 250 aa  164  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  44.72 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  46 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.2 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.22 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  42.36 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  45.41 
 
 		 227 aa  160  9e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  40.3 
 
 		 229 aa  160  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  40.1 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  40.1 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  40.7 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  40.1 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  40.61 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  46.93 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  40.1 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  40.1 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  40.1 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  40.1 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  40 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.22 
 
 		 230 aa  159  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.56 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  40 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  40 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  46.35 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  41.87 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  45.19 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  158  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  45.54 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  42 
 
 		 225 aa  158  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 230 aa  158  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  40 
 
 		 229 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  43.59 
 
 		 221 aa  158  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  39.3 
 
 		 229 aa  158  6e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  41.67 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  38.31 
 
 		 229 aa  158  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  41.67 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.75 
 
 		 233 aa  158  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  46.39 
 
 		 226 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0905  two component transcriptional regulator  43.9 
 
 		 238 aa  157  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  45.6 
 
 		 230 aa  158  7e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  39.5 
 
 		 229 aa  157  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  39.5 
 
 		 229 aa  158  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  46.35 
 
 		 226 aa  157  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  45.08 
 
 		 228 aa  158  7e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>