More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1224 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1224  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 796 aa  1650    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.708606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0324  N-6 DNA methylase  28.97 
 
 		 657 aa  234  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00528654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20400  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.61 
 
 		 654 aa  199  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0518055 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1457  type I restriction-modification system, M subunit, putative  23.3 
 
 		 684 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3600  N-6 DNA methylase  22.83 
 
 		 738 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  29.04 
 
 		 605 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  24.21 
 
 		 687 aa  141  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3247  N-6 DNA methylase  22.55 
 
 		 748 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0544  type I restriction-modification system, M subunit, putative  23.57 
 
 		 648 aa  128  4.0000000000000003e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  23.85 
 
 		 911 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  26.45 
 
 		 554 aa  120  9e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  28.72 
 
 		 545 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3644  type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N)/N-6 DNA methylase  25.07 
 
 		 866 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550519  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  25.81 
 
 		 570 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  26.07 
 
 		 527 aa  115  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  27.57 
 
 		 544 aa  114  7.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  27.57 
 
 		 544 aa  114  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  24.48 
 
 		 579 aa  114  1.0000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1145  N-6 DNA methylase  26.19 
 
 		 628 aa  112  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  26.36 
 
 		 499 aa  111  6e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  27.16 
 
 		 544 aa  110  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  26.87 
 
 		 553 aa  110  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  25.74 
 
 		 503 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  24.35 
 
 		 508 aa  109  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  26.27 
 
 		 549 aa  109  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  25.53 
 
 		 505 aa  108  4e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  27.3 
 
 		 540 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  24.78 
 
 		 553 aa  108  5e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  25.75 
 
 		 489 aa  106  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0921  N-6 DNA methylase  23.36 
 
 		 676 aa  102  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  27.44 
 
 		 506 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  27.44 
 
 		 513 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  26.22 
 
 		 1005 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  25.43 
 
 		 537 aa  100  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  25.86 
 
 		 481 aa  100  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  24.34 
 
 		 530 aa  99.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  25.35 
 
 		 834 aa  99.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 509 aa  99  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5290  N-6 DNA methylase  23.72 
 
 		 668 aa  98.2  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 429 aa  97.1  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  23.42 
 
 		 539 aa  97.1  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 429 aa  97.1  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  24.55 
 
 		 513 aa  96.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  21.84 
 
 		 489 aa  96.3  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  24.28 
 
 		 480 aa  95.5  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  27.14 
 
 		 494 aa  94.7  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  25.82 
 
 		 846 aa  94.4  7e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  25.91 
 
 		 506 aa  94.4  7e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.56 
 
 		 533 aa  94  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  25.24 
 
 		 484 aa  92.8  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  24.92 
 
 		 517 aa  93.2  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  25.24 
 
 		 504 aa  93.2  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  26.5 
 
 		 524 aa  92.4  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  24.68 
 
 		 484 aa  90.1  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  25.32 
 
 		 492 aa  90.5  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0823  N-6 DNA methylase  21.14 
 
 		 768 aa  90.5  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0181192  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  24.67 
 
 		 486 aa  89.7  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  25.55 
 
 		 477 aa  89  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 486 aa  88.6  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1491  N-6 DNA methylase  24.92 
 
 		 495 aa  88.6  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.118965  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  22 
 
 		 484 aa  88.2  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  22.85 
 
 		 479 aa  88.2  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  26.81 
 
 		 512 aa  87.4  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  21.37 
 
 		 495 aa  87  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  24.83 
 
 		 502 aa  86.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  22.36 
 
 		 481 aa  86.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  22.32 
 
 		 775 aa  86.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  25.08 
 
 		 494 aa  85.9  0.000000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  22.57 
 
 		 484 aa  85.9  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  24.01 
 
 		 534 aa  85.9  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  23.64 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  21.71 
 
 		 514 aa  84.7  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.7 
 
 		 703 aa  84.3  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  22.27 
 
 		 489 aa  84  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  22.32 
 
 		 489 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  24.39 
 
 		 530 aa  84  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.23 
 
 		 548 aa  84  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  24.93 
 
 		 808 aa  83.2  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0389  N-6 DNA methylase  25.44 
 
 		 818 aa  82.4  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000231606 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  22.66 
 
 		 481 aa  82.8  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  23.97 
 
 		 493 aa  82.4  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  25.87 
 
 		 516 aa  82  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3517  N-6 DNA methylase  25 
 
 		 486 aa  81.6  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  23.41 
 
 		 489 aa  81.6  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0084  N-6 DNA methylase  23.91 
 
 		 495 aa  80.9  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  24.92 
 
 		 488 aa  80.1  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  24.65 
 
 		 710 aa  80.5  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  24.13 
 
 		 488 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  24 
 
 		 486 aa  79.7  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  23.89 
 
 		 489 aa  79.7  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.3 
 
 		 484 aa  79  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  21.85 
 
 		 493 aa  79.3  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  25.2 
 
 		 568 aa  79  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  24.4 
 
 		 822 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  23.75 
 
 		 489 aa  78.6  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1201  N-6 DNA methylase  24.3 
 
 		 499 aa  77.8  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.721125  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  24.27 
 
 		 484 aa  77.8  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  22.82 
 
 		 501 aa  77.4  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  24.85 
 
 		 824 aa  77.4  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  26.18 
 
 		 563 aa  77.4  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>