More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2269 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 
210 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
210 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  99.52 
 
 
210 aa  422  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  48.31 
 
 
210 aa  202  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  48.31 
 
 
210 aa  202  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.31 
 
 
210 aa  202  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  48.31 
 
 
210 aa  202  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  48.31 
 
 
210 aa  201  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  48.31 
 
 
210 aa  201  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  48.31 
 
 
210 aa  201  5e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.31 
 
 
210 aa  201  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  47.34 
 
 
210 aa  199  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  47.64 
 
 
210 aa  198  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  47.39 
 
 
210 aa  198  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  47.64 
 
 
210 aa  198  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  47.39 
 
 
210 aa  198  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  47.39 
 
 
210 aa  198  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  47.87 
 
 
199 aa  180  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  39.13 
 
 
212 aa  173  2e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
209 aa  168  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  38.65 
 
 
209 aa  166  3e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.36161e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  38.65 
 
 
209 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
206 aa  164  1e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  41.63 
 
 
208 aa  163  2e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  41.15 
 
 
208 aa  163  2e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  41.63 
 
 
208 aa  163  2e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
210 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
208 aa  162  4e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  40.29 
 
 
207 aa  161  8e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 
202 aa  159  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
212 aa  159  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
208 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  39.81 
 
 
207 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  45.54 
 
 
207 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  45.54 
 
 
207 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
205 aa  158  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  39.13 
 
 
207 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
207 aa  158  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
232 aa  158  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
236 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  39.61 
 
 
207 aa  157  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
205 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
203 aa  155  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  40.58 
 
 
209 aa  154  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.52 
 
 
208 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
207 aa  149  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  37.14 
 
 
220 aa  144  7e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.81929e-07  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.78 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.44 
 
 
204 aa  141  8e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
204 aa  139  4e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
213 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
207 aa  136  3e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05894  two component transcriptional regulator  38.27 
 
 
202 aa  136  3e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.3 
 
 
213 aa  135  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
207 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
211 aa  129  4e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3070  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.79 
 
 
216 aa  128  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000689776  unclonable  2.83062e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1241  two component LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
216 aa  127  9e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  3.99601e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1285  two component LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
216 aa  126  2e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000337392  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000282  putative two-component response regulator  36.73 
 
 
202 aa  126  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  33.95 
 
 
216 aa  125  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1570  LuxR family DNA-binding response regulator  33.01 
 
 
215 aa  125  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.17909  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0703  LuxR family DNA-binding response regulator  33.01 
 
 
215 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.533722  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0760  LuxR family DNA-binding response regulator  33.01 
 
 
215 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1154  LuxR family DNA-binding response regulator  33.01 
 
 
215 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1725  LuxR family DNA-binding response regulator  33.01 
 
 
215 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1228  LuxR family DNA-binding response regulator  33.01 
 
 
215 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0904383  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2427  LuxR family DNA-binding response regulator  33.01 
 
 
282 aa  124  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1319  two component LuxR family transcriptional regulator  35.26 
 
 
216 aa  124  8e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0542522  decreased coverage  0.000972679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5584  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
215 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
211 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
204 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
216 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.13 
 
 
210 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  31.9 
 
 
210 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1402  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
211 aa  122  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
209 aa  122  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.85 
 
 
213 aa  122  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
235 aa  122  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  33.65 
 
 
210 aa  122  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
210 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07840  putative two-component response regulator  31.43 
 
 
210 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0171986 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1286  two component LuxR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
213 aa  122  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 
212 aa  121  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 
210 aa  121  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
208 aa  121  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
204 aa  120  1e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
209 aa  120  1e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0849  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
209 aa  120  1e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3925  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
215 aa  120  1e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3359  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.18 
 
 
219 aa  119  2e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0172663  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
214 aa  120  2e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
215 aa  120  2e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.329832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>