More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0462 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  100 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.48 
 
 		 210 aa  390  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  99.48 
 
 		 210 aa  390  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 210 aa  391  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  100 
 
 		 210 aa  391  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  99.48 
 
 		 210 aa  390  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  100 
 
 		 210 aa  391  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  99.48 
 
 		 210 aa  390  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  99.48 
 
 		 210 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  70.68 
 
 		 210 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  70.68 
 
 		 210 aa  285  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  70.68 
 
 		 210 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  70.68 
 
 		 210 aa  285  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  70.68 
 
 		 210 aa  285  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  62.3 
 
 		 210 aa  256  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  47.87 
 
 		 210 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 210 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  47.34 
 
 		 210 aa  178  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  40.96 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 210 aa  149  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  40.43 
 
 		 209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  37.44 
 
 		 207 aa  141  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  36.92 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  35.75 
 
 		 207 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.57 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  35.57 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 208 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.78 
 
 		 202 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 212 aa  134  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 208 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.64 
 
 		 208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 209 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  36.17 
 
 		 212 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 213 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  32.65 
 
 		 220 aa  127  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  37.11 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 206 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  37.11 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 203 aa  125  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.05 
 
 		 213 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 205 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 207 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 205 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  30.26 
 
 		 209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.96 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  31.96 
 
 		 204 aa  117  9e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.03 
 
 		 211 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 204 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1286  two component LuxR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.96 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 207 aa  111  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 235 aa  111  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0522  LuxR response regulator receiver  31.44 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000276468  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.46 
 
 		 217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 		 213 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 213 aa  108  5e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 226 aa  108  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6351  two component LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.06 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.84 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  106  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.42 
 
 		 235 aa  105  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  30.81 
 
 		 216 aa  105  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 204 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1595  two component LuxR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167261 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 213 aa  105  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00507176  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 223 aa  104  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 230 aa  104  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.03 
 
 		 210 aa  104  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 216 aa  104  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5584  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.16 
 
 		 215 aa  104  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3070  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000689776  unclonable  0.00000000000283062 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2427  LuxR family DNA-binding response regulator  31.05 
 
 		 282 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1691  two component LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1154  LuxR family DNA-binding response regulator  31.05 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0703  LuxR family DNA-binding response regulator  31.05 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.533722  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1725  LuxR family DNA-binding response regulator  31.05 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0760  LuxR family DNA-binding response regulator  31.05 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1228  LuxR family DNA-binding response regulator  31.05 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0904383  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3239  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  30 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5941  two component LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1570  LuxR family DNA-binding response regulator  30.53 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.17909  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>