107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1351 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1351  ribonuclease H  100 
 
 		 152 aa  311  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4830  ribonuclease H  63.12 
 
 		 145 aa  194  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.935261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4711  ribonuclease H  60.77 
 
 		 154 aa  153  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.42605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0764  ribonuclease H  36.59 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00463107  normal  0.774807 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3660  ribonuclease H  37.3 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270083  normal  0.190281 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0760  ribonuclease H  35.77 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0760  ribonuclease H  35.77 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.641893  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0723  ribonuclease H  33.86 
 
 		 168 aa  67.4  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2892  bifunctional RNase H/acid phosphatase  36.22 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.816574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1384  ribonuclease H  30.77 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000297522  normal  0.0974241 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2428  ribonuclease H  29.58 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3618  bifunctional RNase H/acid phosphatase  36.72 
 
 		 369 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.324125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0881  Phosphoglycerate mutase  34.59 
 
 		 391 aa  64.3  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3355  phosphoglycerate mutase  38.71 
 
 		 412 aa  63.9  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3274  Phosphoglycerate mutase  34.06 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000275954  hitchhiker  0.000874495 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4815  ribonuclease H  31.39 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.084828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12257  bifunctional RNase H/acid phosphatase  34.68 
 
 		 364 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000101677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07200  fructose-2,6-bisphosphatase  35.43 
 
 		 383 aa  62.8  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282804  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1010  cell wall enzyme EbsB, putative  33.07 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3342  bifunctional RNase H/acid phosphatase  33.07 
 
 		 365 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.135995  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3404  bifunctional RNase H/acid phosphatase  33.07 
 
 		 365 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.262281 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3353  bifunctional RNase H/acid phosphatase  33.07 
 
 		 365 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4219  ribonuclease H  25.38 
 
 		 313 aa  60.1  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2246  ribonuclease H  29.92 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.454266  hitchhiker  0.00558183 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0179  ribonuclease H  30.77 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1659  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3686  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0273  ribonuclease H  31.78 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.442052 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1714  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.461816  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1321  ribonuclease H  30.95 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00120412  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1507  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.154528  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1479  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.221091  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1469  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.718462  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1623  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1764  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1691  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1511  ribonuclease H  34.13 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1173  ribonuclease H  29.37 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  37.01 
 
 		 402 aa  53.9  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  31.62 
 
 		 170 aa  53.5  0.0000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3066  ribonuclease H  33.06 
 
 		 197 aa  52.4  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6815  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  29.5 
 
 		 452 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2587  ribonuclease H  31.2 
 
 		 197 aa  52.8  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1953  bifunctional RNase H/acid phosphatase  32.84 
 
 		 382 aa  52.4  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3313  Ribonuclease H  29.68 
 
 		 157 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 		 440 aa  50.8  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0761  ribonuclease H  30.07 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0088  ribonuclease H  30.6 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  29.5 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1207  ribonuclease H  32 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.623117  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  30.66 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1375  RNase HI  30.95 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.65904  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0755  ribonuclease H  28.35 
 
 		 187 aa  48.1  0.00004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1495  ribonuclease H  27.94 
 
 		 146 aa  48.1  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1739  ribonuclease H  27.56 
 
 		 187 aa  47.4  0.00008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3334  Phosphoglycerate mutase  32.8 
 
 		 366 aa  46.6  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0185699  normal  0.415559 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  38.1 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09490  ribonuclease HI  30.6 
 
 		 322 aa  46.6  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_303  hypothetical protein  35.06 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_8015  predicted protein  30 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00418489  normal  0.339866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  30.56 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0263  ribonuclease H  29.37 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.988009  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1325  hypothetical protein  23.81 
 
 		 417 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1354  Ribonuclease HI-like protein  23.81 
 
 		 417 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.384272  hitchhiker  0.000000713582 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  30.07 
 
 		 158 aa  44.7  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0667  ribonuclease HI  32.1 
 
 		 151 aa  44.7  0.0005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.652902  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0246  ribonuclease H  30.77 
 
 		 149 aa  44.7  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1511  ribonuclease H  36 
 
 		 302 aa  44.3  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1437  ribonuclease H  24.78 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.816705 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1985  ribonuclease H  29.01 
 
 		 230 aa  43.9  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000102134  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  27.74 
 
 		 154 aa  43.9  0.0007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6404  ribonuclease H  31.54 
 
 		 215 aa  43.9  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  38.16 
 
 		 151 aa  43.9  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  31.91 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  30.07 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2527  RNase HI  31.29 
 
 		 150 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  38.16 
 
 		 220 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  29.58 
 
 		 148 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  36.25 
 
 		 161 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1438  bifunctional RNase H/acid phosphatase  30 
 
 		 378 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.246631  normal  0.0428381 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3678  ribonuclease H  44.44 
 
 		 217 aa  42.4  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.66661  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  32.59 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0309  ribonuclease H  33.59 
 
 		 197 aa  42.4  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1544  ribonuclease H  44.44 
 
 		 217 aa  42.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3460  Phosphoglycerate mutase  29.32 
 
 		 363 aa  42.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0428  ribonuclease H  32.05 
 
 		 302 aa  42  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  30.99 
 
 		 161 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3014  hypothetical protein  31.58 
 
 		 154 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.157547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  32.89 
 
 		 192 aa  41.6  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  29.79 
 
 		 157 aa  41.6  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  30.5 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  28.87 
 
 		 148 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  28.38 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  31.21 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1494  ribonuclease HI-like protein  25 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1523  cell wall enzyme EbsB-like protein  25 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  41.89 
 
 		 153 aa  40.8  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  31.43 
 
 		 150 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5423  ribonuclease H  25.83 
 
 		 2805 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  24.46 
 
 		 156 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>