More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0484 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  100 
 
 		 157 aa  322  2e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  58.97 
 
 		 156 aa  199  8e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  61.33 
 
 		 156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  61.22 
 
 		 154 aa  188  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  58.55 
 
 		 156 aa  187  5e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  55.77 
 
 		 158 aa  183  9e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  56 
 
 		 156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  62.5 
 
 		 151 aa  176  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  53.29 
 
 		 241 aa  176  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  56.29 
 
 		 173 aa  175  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  55.84 
 
 		 154 aa  174  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  61.76 
 
 		 151 aa  174  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  54.3 
 
 		 153 aa  174  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  59.12 
 
 		 162 aa  173  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  55.1 
 
 		 159 aa  173  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  61.48 
 
 		 160 aa  172  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  61.76 
 
 		 154 aa  172  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  55.63 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  59.56 
 
 		 153 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  58.9 
 
 		 164 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  52.23 
 
 		 156 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  54.97 
 
 		 163 aa  171  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  55.33 
 
 		 166 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  54.97 
 
 		 163 aa  171  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  61.38 
 
 		 150 aa  171  5e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  57.97 
 
 		 148 aa  171  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  57.45 
 
 		 147 aa  170  5.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  57.04 
 
 		 150 aa  170  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  59.56 
 
 		 153 aa  170  6.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  60.74 
 
 		 147 aa  170  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  53.9 
 
 		 154 aa  169  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  57.97 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  59.09 
 
 		 152 aa  169  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  59.56 
 
 		 148 aa  169  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  52.29 
 
 		 170 aa  169  1e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  57.97 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  57.97 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  53.59 
 
 		 154 aa  169  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  57.04 
 
 		 153 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  59.85 
 
 		 151 aa  168  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  55.63 
 
 		 155 aa  168  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  57.82 
 
 		 150 aa  169  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  61.48 
 
 		 145 aa  168  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  57.66 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  55.63 
 
 		 150 aa  167  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  57.66 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  59.26 
 
 		 145 aa  167  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  54.97 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  56.52 
 
 		 148 aa  167  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  58.87 
 
 		 145 aa  167  6e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  56.52 
 
 		 148 aa  167  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  58.82 
 
 		 148 aa  167  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  58.82 
 
 		 146 aa  167  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  58.82 
 
 		 148 aa  167  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  58.82 
 
 		 148 aa  167  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  58.82 
 
 		 148 aa  167  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  58.82 
 
 		 148 aa  167  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  57.97 
 
 		 147 aa  167  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  57.97 
 
 		 147 aa  167  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  58.82 
 
 		 148 aa  167  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  54.3 
 
 		 155 aa  166  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  54.3 
 
 		 155 aa  166  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  54.3 
 
 		 155 aa  166  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  54.3 
 
 		 155 aa  166  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  54.3 
 
 		 155 aa  166  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  57.24 
 
 		 146 aa  166  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  57.97 
 
 		 147 aa  166  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  59.26 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  56.52 
 
 		 147 aa  166  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  53.25 
 
 		 155 aa  166  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  53.69 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  50.98 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  49.68 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  52.78 
 
 		 163 aa  166  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  57.86 
 
 		 153 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  54.35 
 
 		 153 aa  165  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  58.09 
 
 		 161 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  51.66 
 
 		 157 aa  166  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2924  ribonuclease H  58.04 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  55 
 
 		 155 aa  166  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  54.3 
 
 		 164 aa  165  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  58.16 
 
 		 148 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  58.16 
 
 		 148 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  56.34 
 
 		 156 aa  165  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  52.38 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  52.38 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  57.35 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  52.38 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  54.42 
 
 		 150 aa  164  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  55.07 
 
 		 146 aa  164  5e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  49.04 
 
 		 161 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>