More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1816 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  100 
 
 		 340 aa  703    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  67.79 
 
 		 385 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  67.71 
 
 		 384 aa  511  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.76 
 
 		 314 aa  369  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  67.93 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  68.78 
 
 		 248 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  67.36 
 
 		 298 aa  338  5.9999999999999996e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  65.69 
 
 		 272 aa  318  1e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  59.09 
 
 		 318 aa  308  9e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  62.45 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  51.95 
 
 		 389 aa  302  6.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  55.2 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.01 
 
 		 235 aa  289  4e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  59.66 
 
 		 240 aa  288  9e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  60.44 
 
 		 235 aa  287  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  60.44 
 
 		 235 aa  286  4e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  60.44 
 
 		 235 aa  286  4e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  61.64 
 
 		 235 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  61.64 
 
 		 238 aa  285  5e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  61.64 
 
 		 238 aa  285  5e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  61.64 
 
 		 238 aa  285  5e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  61.64 
 
 		 238 aa  285  5e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  60 
 
 		 238 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  59 
 
 		 348 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.75 
 
 		 355 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  57.79 
 
 		 248 aa  282  7.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  48.28 
 
 		 324 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.85 
 
 		 290 aa  280  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  58.47 
 
 		 244 aa  280  3e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.85 
 
 		 290 aa  280  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.18 
 
 		 332 aa  279  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  62.96 
 
 		 240 aa  278  7e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  60.92 
 
 		 240 aa  278  8e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.96 
 
 		 309 aa  278  1e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  62.27 
 
 		 240 aa  276  3e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  62.27 
 
 		 240 aa  276  3e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 240 aa  276  4e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  60 
 
 		 289 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  61.8 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  61.8 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  60 
 
 		 289 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  61.8 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  60 
 
 		 289 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  62.33 
 
 		 240 aa  273  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  57.14 
 
 		 240 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  60 
 
 		 289 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  60 
 
 		 289 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.37 
 
 		 290 aa  272  7e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.37 
 
 		 290 aa  271  9e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.37 
 
 		 290 aa  271  9e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.37 
 
 		 290 aa  271  9e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.37 
 
 		 290 aa  271  9e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.37 
 
 		 290 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.79 
 
 		 293 aa  270  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.52 
 
 		 289 aa  270  2.9999999999999997e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  46.84 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.65 
 
 		 332 aa  265  8e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  54.82 
 
 		 477 aa  262  8e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 266 aa  262  8e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.85 
 
 		 286 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  53.78 
 
 		 229 aa  249  4e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  56 
 
 		 229 aa  249  6e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  53.98 
 
 		 229 aa  249  6e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  53.98 
 
 		 229 aa  249  7e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  53.54 
 
 		 229 aa  246  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  55.56 
 
 		 229 aa  247  3e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  53.57 
 
 		 228 aa  247  3e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  55.56 
 
 		 229 aa  246  4e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  55.56 
 
 		 229 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  53.57 
 
 		 228 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  53.54 
 
 		 229 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  53.54 
 
 		 229 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  54.91 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  47.06 
 
 		 261 aa  217  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  42.42 
 
 		 236 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 242 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  43.29 
 
 		 236 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 236 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  41.56 
 
 		 236 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 238 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.56 
 
 		 281 aa  179  7e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 241 aa  179  8e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 242 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 242 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  41.1 
 
 		 241 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 247 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 228 aa  172  1e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 238 aa  169  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 245 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 261 aa  165  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  38.98 
 
 		 238 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  38.2 
 
 		 238 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 567 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  38.34 
 
 		 274 aa  159  6e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 271 aa  159  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  39.38 
 
 		 227 aa  157  3e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 228 aa  156  6e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 235 aa  155  8e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>