More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0112 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 309 aa  621  1e-177  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  67.21 
 
 		 310 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  64.59 
 
 		 317 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  65.25 
 
 		 309 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  64.92 
 
 		 322 aa  392  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  65.36 
 
 		 313 aa  388  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  63.16 
 
 		 309 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  64.92 
 
 		 309 aa  388  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  62.5 
 
 		 312 aa  387  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  63.93 
 
 		 309 aa  385  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  61.56 
 
 		 313 aa  381  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  64.24 
 
 		 312 aa  383  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  64.26 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  60.91 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 318 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  63.91 
 
 		 312 aa  378  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  62.09 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  62.62 
 
 		 315 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 318 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  64.08 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  60.91 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  62.91 
 
 		 317 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  62.95 
 
 		 310 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  60.78 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  61.49 
 
 		 312 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  60.46 
 
 		 313 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  62.42 
 
 		 310 aa  375  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  60.78 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  60.59 
 
 		 320 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  61.76 
 
 		 313 aa  374  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  60.26 
 
 		 320 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  60.26 
 
 		 313 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  62.95 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  60.78 
 
 		 313 aa  374  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  60.26 
 
 		 318 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  60.26 
 
 		 313 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  63.28 
 
 		 310 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  59.54 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  62.95 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  62.95 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  62.95 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  61.04 
 
 		 313 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  62.95 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  60.26 
 
 		 320 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  62.95 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  62.3 
 
 		 310 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  59.87 
 
 		 313 aa  368  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  60.46 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  60.06 
 
 		 313 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  60.06 
 
 		 314 aa  364  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  58.12 
 
 		 313 aa  362  6e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  60.66 
 
 		 311 aa  361  8e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  59.61 
 
 		 313 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 313 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  63.45 
 
 		 315 aa  358  5e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  57.73 
 
 		 321 aa  357  9.999999999999999e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  60.13 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  57.14 
 
 		 313 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  58.31 
 
 		 317 aa  351  7e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  57.23 
 
 		 339 aa  351  7e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  60.73 
 
 		 316 aa  351  8.999999999999999e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  58.77 
 
 		 313 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 313 aa  349  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 313 aa  349  3e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  59.74 
 
 		 351 aa  348  5e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  56.63 
 
 		 345 aa  348  5e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  59.93 
 
 		 319 aa  347  2e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  58.03 
 
 		 310 aa  346  3e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  55.52 
 
 		 326 aa  346  3e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  56.33 
 
 		 345 aa  345  4e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  54.58 
 
 		 311 aa  334  1e-90  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1680  porphobilinogen deaminase  56.54 
 
 		 317 aa  326  4.0000000000000003e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0679  porphobilinogen deaminase  57 
 
 		 317 aa  322  4e-87  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.451406  normal  0.332479 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  53.27 
 
 		 314 aa  321  9.999999999999999e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07271  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 317 aa  318  7e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  55.81 
 
 		 303 aa  315  9e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04951  porphobilinogen deaminase  52.94 
 
 		 316 aa  313  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.334606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  54.22 
 
 		 322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  55.52 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1322  porphobilinogen deaminase  53.97 
 
 		 314 aa  308  6.999999999999999e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000625497  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  52.77 
 
 		 316 aa  307  2.0000000000000002e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05521  porphobilinogen deaminase  52.44 
 
 		 316 aa  306  2.0000000000000002e-82  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132832  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0525  porphobilinogen deaminase  53.62 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05591  porphobilinogen deaminase  51.29 
 
 		 316 aa  306  4.0000000000000004e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0688  porphobilinogen deaminase  52.46 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427677  normal  0.256859 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  51.47 
 
 		 316 aa  305  6e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  50.49 
 
 		 310 aa  305  7e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  52.1 
 
 		 320 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  50.81 
 
 		 308 aa  302  4.0000000000000003e-81  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  50.98 
 
 		 318 aa  302  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05521  porphobilinogen deaminase  50.97 
 
 		 315 aa  301  9e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.276961 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  54.18 
 
 		 310 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  54.18 
 
 		 306 aa  300  3e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  52.9 
 
 		 310 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  52.46 
 
 		 334 aa  299  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2621  porphobilinogen deaminase  52.58 
 
 		 316 aa  299  4e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.995581  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>