More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1123 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  625  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  57.81 
 
 		 307 aa  386  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  56.48 
 
 		 302 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  58.36 
 
 		 335 aa  364  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 298 aa  363  3e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 298 aa  362  6e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 295 aa  360  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 299 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 296 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 298 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 298 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 298 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  54.61 
 
 		 298 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 305 aa  347  2e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  52.32 
 
 		 304 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 307 aa  279  5e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 304 aa  277  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 306 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.81 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  42.91 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.49 
 
 		 293 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.21 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 307 aa  252  4.0000000000000004e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 307 aa  252  4.0000000000000004e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 299 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 299 aa  252  7e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 301 aa  245  8e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.87 
 
 		 299 aa  244  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 309 aa  244  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 301 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.98 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 315 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 301 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 313 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 301 aa  238  6.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 299 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 313 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 312 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 295 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 289 aa  236  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 322 aa  236  4e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 310 aa  235  7e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 297 aa  235  7e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 302 aa  235  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 298 aa  235  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 299 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 299 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 305 aa  235  9e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 299 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  41.53 
 
 		 303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 316 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 316 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.07 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>