More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3922 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  100 
 
 
216 aa  434  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  95.37 
 
 
216 aa  414  1e-115  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  75.46 
 
 
221 aa  321  5e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  73.68 
 
 
292 aa  317  1e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  72.55 
 
 
215 aa  314  5e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  71.5 
 
 
228 aa  301  5e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  70.94 
 
 
216 aa  301  6e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  70.59 
 
 
248 aa  296  2e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  71.71 
 
 
234 aa  295  3e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  69.95 
 
 
247 aa  295  3e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  70.83 
 
 
220 aa  293  2e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  72.22 
 
 
217 aa  291  6e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  71.01 
 
 
228 aa  290  1e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  67.29 
 
 
219 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  67.29 
 
 
219 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  67.29 
 
 
219 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  67.3 
 
 
218 aa  289  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0583  50S ribosomal protein L4  69.31 
 
 
245 aa  288  3e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  70.05 
 
 
232 aa  288  5e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6613  ribosomal protein L4/L1e  72.91 
 
 
231 aa  286  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4320  ribosomal protein L4/L1e  69.35 
 
 
204 aa  286  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  66.19 
 
 
223 aa  283  1e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  66.67 
 
 
223 aa  280  2e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  65.07 
 
 
219 aa  279  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  66.83 
 
 
234 aa  277  9e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  69.84 
 
 
211 aa  270  9e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  64.08 
 
 
222 aa  270  1e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  63.81 
 
 
217 aa  269  2e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  65.99 
 
 
205 aa  269  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2686  ribosomal protein L4/L1e  65 
 
 
206 aa  267  8e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.751145 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23800  50S ribosomal protein L4  67.82 
 
 
312 aa  263  2e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  64.08 
 
 
223 aa  262  4e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3904  50S ribosomal protein L4P  67 
 
 
259 aa  260  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1186  50S ribosomal protein L4/L1e  65.17 
 
 
217 aa  256  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0588  ribosomal protein L4/L1e  63.68 
 
 
228 aa  251  7e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.290054  normal  0.451966 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3757  ribosomal protein L4/L1e  64.29 
 
 
221 aa  249  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  60 
 
 
218 aa  239  3e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0256  ribosomal protein L4/L1 family protein  58.02 
 
 
221 aa  233  2e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  55.07 
 
 
214 aa  204  6e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  49.01 
 
 
206 aa  185  4e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  49.75 
 
 
207 aa  177  8e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.03747e-05  hitchhiker  2.67396e-11 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  46.15 
 
 
207 aa  177  9e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  9.811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  46.15 
 
 
207 aa  177  9e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.34967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  45.5 
 
 
206 aa  177  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  46.8 
 
 
207 aa  176  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  45.67 
 
 
206 aa  170  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  45.19 
 
 
208 aa  171  1e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  44.93 
 
 
207 aa  170  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 
207 aa  169  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  46.15 
 
 
207 aa  169  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  43.07 
 
 
207 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  44.06 
 
 
207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  43.27 
 
 
212 aa  166  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  43.56 
 
 
207 aa  166  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  46.57 
 
 
223 aa  165  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  43.07 
 
 
207 aa  164  7e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  45.95 
 
 
208 aa  163  1e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  7.38717e-07  hitchhiker  5.90673e-07 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  41.71 
 
 
214 aa  162  3e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  43 
 
 
206 aa  162  4e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  42.31 
 
 
207 aa  160  1e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  42.36 
 
 
208 aa  159  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.18286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  43.84 
 
 
204 aa  158  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 
207 aa  158  6e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  43.84 
 
 
204 aa  158  6e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  46 
 
 
207 aa  157  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  4.5126e-06  hitchhiker  1.48432e-09 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  43.75 
 
 
207 aa  157  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  42.93 
 
 
206 aa  156  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.69503e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  41.09 
 
 
207 aa  156  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  41.5 
 
 
207 aa  156  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  41.5 
 
 
207 aa  155  4e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  7.91532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  41.35 
 
 
215 aa  155  5e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  41.43 
 
 
207 aa  155  6e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  41 
 
 
207 aa  154  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  42.19 
 
 
209 aa  151  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  44.22 
 
 
209 aa  151  9e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  39.11 
 
 
207 aa  150  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  9.84788e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1649  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
210 aa  150  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  43.37 
 
 
210 aa  150  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17391  50S ribosomal protein L4  42.18 
 
 
210 aa  150  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17481  50S ribosomal protein L4  41.71 
 
 
210 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.533381  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  42.79 
 
 
221 aa  150  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17641  50S ribosomal protein L4  42.18 
 
 
210 aa  149  3e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17340  Putative mitochondrial ribosomal protein L4  43.56 
 
 
224 aa  149  3e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.000952824  normal  0.0986734 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  39.32 
 
 
207 aa  148  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  45.45 
 
 
206 aa  148  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  41.04 
 
 
221 aa  148  8e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.17748e-06 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
207 aa  148  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  43.33 
 
 
210 aa  147  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  40 
 
 
212 aa  147  1e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  41.88 
 
 
223 aa  147  1e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0225  ribosomal protein L4/L1e  42.21 
 
 
210 aa  147  2e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 
208 aa  146  2e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>