More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4459 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  82.61 
 
 		 598 aa  1066    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  73.94 
 
 		 568 aa  889    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 598 aa  1249    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  82.61 
 
 		 598 aa  1031    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  74.62 
 
 		 601 aa  948    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  70.07 
 
 		 597 aa  864    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  74.37 
 
 		 597 aa  945    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  74.46 
 
 		 601 aa  949    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  74.37 
 
 		 597 aa  947    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  75.59 
 
 		 598 aa  954    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  71.24 
 
 		 597 aa  919    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  74.79 
 
 		 601 aa  949    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  74.54 
 
 		 597 aa  948    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  74.62 
 
 		 601 aa  949    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  67.17 
 
 		 597 aa  841    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  75.29 
 
 		 598 aa  952    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.58 
 
 		 602 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  49.01 
 
 		 611 aa  608  9.999999999999999e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.83 
 
 		 601 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  50 
 
 		 602 aa  598  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  48.91 
 
 		 602 aa  597  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  50.08 
 
 		 601 aa  598  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  50.08 
 
 		 601 aa  598  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  49.66 
 
 		 588 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  47.76 
 
 		 601 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  47.1 
 
 		 601 aa  571  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  46.32 
 
 		 599 aa  564  1.0000000000000001e-159  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  46.9 
 
 		 601 aa  565  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  47.74 
 
 		 601 aa  559  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  41.61 
 
 		 633 aa  498  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1145  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  37.5 
 
 		 607 aa  408  1.0000000000000001e-112  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 		 603 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  37.72 
 
 		 603 aa  383  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  37.19 
 
 		 587 aa  381  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 607 aa  377  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  37.19 
 
 		 603 aa  374  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 		 633 aa  365  1e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 610 aa  363  3e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 		 610 aa  359  8e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 592 aa  358  1.9999999999999998e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 598 aa  357  5e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.09 
 
 		 610 aa  355  1e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.8 
 
 		 610 aa  355  2e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 		 610 aa  349  7e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 609 aa  348  2e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  35.44 
 
 		 592 aa  347  3e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 607 aa  346  6e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  34.14 
 
 		 649 aa  339  9e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 590 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 592 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 597 aa  337  5e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 630 aa  337  5e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 		 594 aa  336  7.999999999999999e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 590 aa  333  5e-90  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 602 aa  333  7.000000000000001e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 610 aa  332  8e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 596 aa  332  1e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 612 aa  332  1e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 663 aa  330  4e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 607 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 612 aa  326  8.000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 637 aa  326  1e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 604 aa  325  1e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16820  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  33.16 
 
 		 603 aa  323  4e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.255817  normal  0.0373758 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 604 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 606 aa  322  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 604 aa  320  6e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 		 604 aa  318  3e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 606 aa  316  7e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 606 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 622 aa  312  1e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 		 685 aa  311  2e-83  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.169636 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 617 aa  310  5e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 		 603 aa  310  5.9999999999999995e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 595 aa  310  6.999999999999999e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  31.04 
 
 		 605 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 		 605 aa  306  8.000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2236  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 660 aa  305  2.0000000000000002e-81  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.83669 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2186  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 669 aa  305  2.0000000000000002e-81  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.197211  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 592 aa  305  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 		 620 aa  302  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.71 
 
 		 606 aa  301  2e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 605 aa  301  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 		 626 aa  301  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.9 
 
 		 599 aa  300  6e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 599 aa  300  7e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 606 aa  299  9e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.77 
 
 		 599 aa  299  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.98 
 
 		 602 aa  298  1e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 602 aa  298  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 623 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 613 aa  298  3e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 596 aa  297  4e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 596 aa  297  4e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 599 aa  296  8e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 		 597 aa  296  1e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 		 597 aa  295  1e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  31.7 
 
 		 606 aa  295  2e-78  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 604 aa  295  2e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 602 aa  294  3e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>