More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0090 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  91.62 
 
 
382 aa  682  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  92.15 
 
 
382 aa  682  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
381 aa  764  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  91.08 
 
 
381 aa  699  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  92.41 
 
 
382 aa  684  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  91.08 
 
 
381 aa  699  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  90.81 
 
 
381 aa  694  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  89.27 
 
 
382 aa  666  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  76.05 
 
 
386 aa  563  1e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  3.18769e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  72.43 
 
 
385 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  70.27 
 
 
383 aa  532  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.65031e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  74.93 
 
 
378 aa  534  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  70.56 
 
 
386 aa  530  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  71.65 
 
 
382 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  65.09 
 
 
383 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  3.02028e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  60.75 
 
 
379 aa  453  1e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  61.03 
 
 
378 aa  394  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.93 
 
 
395 aa  363  2e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  54.73 
 
 
394 aa  359  4e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  51.64 
 
 
386 aa  358  9e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  49.73 
 
 
392 aa  357  3e-97  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  51.21 
 
 
395 aa  355  6e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  2.30672e-08 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  50.14 
 
 
405 aa  353  2e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.96 
 
 
433 aa  353  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.14 
 
 
422 aa  353  4e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  50.53 
 
 
386 aa  351  1e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.55 
 
 
386 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.62 
 
 
379 aa  350  2e-95  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  53.04 
 
 
400 aa  350  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  49.73 
 
 
395 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  49.73 
 
 
388 aa  350  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  49.73 
 
 
395 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
386 aa  350  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  50.41 
 
 
426 aa  350  3e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  51.72 
 
 
394 aa  349  5e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  52.83 
 
 
423 aa  347  1e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  52.51 
 
 
383 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  49.06 
 
 
397 aa  343  3e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  50.27 
 
 
400 aa  343  4e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  50.53 
 
 
381 aa  342  7e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  53.39 
 
 
384 aa  340  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.22 
 
 
410 aa  340  2e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.79 
 
 
399 aa  340  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  48.33 
 
 
428 aa  340  3e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  54.05 
 
 
353 aa  338  1e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2967  multidrug resistance protein  53.23 
 
 
415 aa  338  1e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.45 
 
 
393 aa  336  3e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.27 
 
 
397 aa  335  8e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
396 aa  335  9e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
398 aa  335  9e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  51.79 
 
 
385 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  51.79 
 
 
385 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  51.79 
 
 
385 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  48.55 
 
 
418 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  48.55 
 
 
418 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  52.63 
 
 
412 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  48.02 
 
 
418 aa  332  8e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  50.41 
 
 
385 aa  332  8e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  48.36 
 
 
384 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.36 
 
 
384 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  48.63 
 
 
384 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.933063 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.14 
 
 
385 aa  330  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  50.14 
 
 
385 aa  330  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  46.74 
 
 
397 aa  331  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 
385 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  50.14 
 
 
385 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.10651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  46.92 
 
 
425 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  48.23 
 
 
379 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  48.09 
 
 
384 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  51.52 
 
 
385 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.7 
 
 
411 aa  329  6e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  49.86 
 
 
385 aa  328  7e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  49.86 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  49.86 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  49.86 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  52.21 
 
 
383 aa  327  1e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  47.72 
 
 
431 aa  327  2e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  52.84 
 
 
409 aa  327  2e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  48.79 
 
 
382 aa  326  4e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  51.92 
 
 
442 aa  326  4e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  50.28 
 
 
409 aa  326  4e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  50.28 
 
 
409 aa  325  6e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  47.18 
 
 
412 aa  325  8e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  47.18 
 
 
412 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  50 
 
 
409 aa  324  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  46.68 
 
 
397 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  46.65 
 
 
420 aa  324  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  50 
 
 
397 aa  324  2e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  50 
 
 
397 aa  324  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  50 
 
 
397 aa  324  2e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  50 
 
 
397 aa  324  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  47.18 
 
 
424 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  47.18 
 
 
424 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  47.18 
 
 
424 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
397 aa  324  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
397 aa  324  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
405 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.34834  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  49.55 
 
 
390 aa  322  6e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0504  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.37 
 
 
399 aa  322  8e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.196433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  44.85 
 
 
385 aa  322  8e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>