More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_00330 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  591  1e-168  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  58.14 
 
 		 302 aa  321  8e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0432  transcriptional regulator, LysR family  42.55 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3621  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 287 aa  115  8.999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  31.79 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  32.16 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  35.43 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  32.33 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 319 aa  99.4  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  99  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 308 aa  99  8e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 315 aa  96.3  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 304 aa  93.6  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.19 
 
 		 302 aa  92.4  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 331 aa  92.8  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.19 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.08 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.08 
 
 		 305 aa  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.08 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.08 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.28 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.28 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 304 aa  90.1  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  89.4  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1853  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 350 aa  88.6  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.54026 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.28 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.28 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.28 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.28 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.28 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 333 aa  87.4  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.68 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 308 aa  86.7  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  29.88 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 308 aa  85.5  9e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>