More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1091 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
307 aa  636  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 
307 aa  633  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 
307 aa  626  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  88.45 
 
 
307 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  82.85 
 
 
314 aa  524  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  83.17 
 
 
320 aa  525  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  82.85 
 
 
314 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  82.2 
 
 
314 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  82.52 
 
 
314 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  54.46 
 
 
302 aa  343  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  55.78 
 
 
300 aa  337  1e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  55.12 
 
 
300 aa  335  7e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  52.81 
 
 
302 aa  333  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  52.81 
 
 
302 aa  332  5e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63268e-08 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  52.81 
 
 
302 aa  332  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.94 
 
 
317 aa  331  8e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  51.82 
 
 
305 aa  327  2e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  51.82 
 
 
302 aa  325  5e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  52.81 
 
 
294 aa  320  2e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 
309 aa  318  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  51.82 
 
 
306 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 
306 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  49.51 
 
 
302 aa  308  1e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 
299 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 
299 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 
299 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 
299 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 
299 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 
299 aa  305  7e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 
299 aa  305  8e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 
299 aa  303  2e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 
301 aa  301  7e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  47.54 
 
 
320 aa  283  2e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 
302 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 
302 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 
302 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
302 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  43.46 
 
 
296 aa  265  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  43.52 
 
 
335 aa  262  5e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  43.56 
 
 
309 aa  256  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 
297 aa  252  5e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
299 aa  229  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  38.69 
 
 
295 aa  222  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
305 aa  221  1e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 
304 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 
335 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
299 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 
293 aa  205  9e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
296 aa  202  8e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
298 aa  199  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.39 
 
 
307 aa  198  9e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
303 aa  198  1e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.62 
 
 
302 aa  196  4e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
298 aa  196  5e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
298 aa  196  5e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
299 aa  195  8e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
308 aa  192  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.53 
 
 
299 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
301 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
295 aa  191  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
307 aa  189  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  35.22 
 
 
299 aa  189  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
300 aa  189  6e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
295 aa  189  6e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
298 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 
300 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
302 aa  188  9e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
300 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 
298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
300 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
307 aa  186  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 
306 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  35.2 
 
 
300 aa  186  6e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 
301 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 
348 aa  184  1e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 
299 aa  184  1e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
300 aa  184  1e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
303 aa  184  2e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
299 aa  184  2e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
300 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
322 aa  183  4e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
299 aa  182  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
298 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.87 
 
 
293 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.12 
 
 
309 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 
298 aa  180  3e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
306 aa  180  3e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 
306 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
304 aa  179  5e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
309 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
302 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
298 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
298 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  2.6158e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
298 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 
307 aa  176  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 
302 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 
307 aa  176  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
297 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>