265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1337 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  100 
 
 		 405 aa  820    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  70.1 
 
 		 395 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  67.27 
 
 		 395 aa  534  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  42.56 
 
 		 385 aa  335  7.999999999999999e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  42.56 
 
 		 385 aa  334  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  45.45 
 
 		 386 aa  332  8e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  42.6 
 
 		 385 aa  330  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  43.62 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  43.65 
 
 		 384 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  44.21 
 
 		 395 aa  323  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  43.07 
 
 		 405 aa  318  9e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  40.98 
 
 		 383 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  43.12 
 
 		 392 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  42.86 
 
 		 382 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  43.27 
 
 		 392 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  45.91 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  43.49 
 
 		 388 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  42.35 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  43.92 
 
 		 396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  40.37 
 
 		 384 aa  310  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  43.39 
 
 		 393 aa  310  4e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  42.37 
 
 		 386 aa  310  4e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  42.93 
 
 		 382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  42.3 
 
 		 384 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  42.3 
 
 		 384 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  40.99 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  43.56 
 
 		 389 aa  299  5e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  41.25 
 
 		 381 aa  298  8e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  42.06 
 
 		 384 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  42.59 
 
 		 427 aa  296  5e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  39.12 
 
 		 391 aa  296  6e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  40.26 
 
 		 385 aa  294  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  41.16 
 
 		 394 aa  288  9e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  43.27 
 
 		 389 aa  288  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  42.56 
 
 		 384 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  39.74 
 
 		 385 aa  282  8.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  39.48 
 
 		 386 aa  277  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  41.03 
 
 		 401 aa  277  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  39.74 
 
 		 385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  39.74 
 
 		 385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  40.26 
 
 		 385 aa  266  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  37.8 
 
 		 392 aa  249  4e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  37.34 
 
 		 396 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  37.29 
 
 		 381 aa  232  8.000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  36.93 
 
 		 392 aa  229  9e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  35.06 
 
 		 388 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  33.76 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  33.59 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  34.55 
 
 		 377 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  34.55 
 
 		 377 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  34.29 
 
 		 377 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  30.61 
 
 		 392 aa  189  1e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  34.49 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  34.03 
 
 		 377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  34.14 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  32.71 
 
 		 377 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  30.37 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  33.06 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  35.64 
 
 		 371 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  32.99 
 
 		 396 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  32.1 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  35.09 
 
 		 400 aa  168  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  32.78 
 
 		 375 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  34.59 
 
 		 388 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  29.03 
 
 		 387 aa  163  6e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  34.25 
 
 		 384 aa  163  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  34.25 
 
 		 384 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  30.73 
 
 		 385 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  33.85 
 
 		 368 aa  162  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  34.62 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  27.96 
 
 		 386 aa  161  2e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  33.88 
 
 		 374 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  30.5 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  30.53 
 
 		 388 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  33.96 
 
 		 369 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  33.96 
 
 		 369 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  33.96 
 
 		 369 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  34.8 
 
 		 369 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  32.52 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  32.98 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  32.98 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  32.98 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  34.24 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  32.71 
 
 		 375 aa  156  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  29.89 
 
 		 384 aa  156  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  32.84 
 
 		 370 aa  156  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  33.77 
 
 		 384 aa  156  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  32.71 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  32.71 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  32.98 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  32.88 
 
 		 371 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  32.88 
 
 		 371 aa  155  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  30.85 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  34.63 
 
 		 369 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  30.83 
 
 		 374 aa  152  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  33.77 
 
 		 375 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  33.77 
 
 		 375 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  33.77 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  30.32 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  33.77 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>