More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2215 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  69.62 
 
 		 293 aa  434  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 293 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 293 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 293 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  69.62 
 
 		 293 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  69.62 
 
 		 293 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  69.62 
 
 		 293 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 293 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 293 aa  431  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 295 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 289 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 296 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 295 aa  268  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  44.29 
 
 		 289 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  43.6 
 
 		 289 aa  249  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.18 
 
 		 290 aa  228  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.41 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  38.28 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.68 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 316 aa  151  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.56 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.87 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.87 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.87 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 350 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.73 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1242  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00379242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 305 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.68 
 
 		 292 aa  119  9e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 300 aa  118  9e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 292 aa  119  9e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.02 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 294 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 294 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 294 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>