More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0075 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  88.99 
 
 		 601 aa  1053    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  75.7 
 
 		 598 aa  902    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  88.29 
 
 		 601 aa  1048    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  100 
 
 		 568 aa  1184    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  88.81 
 
 		 601 aa  1053    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  73.94 
 
 		 598 aa  889    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  72.84 
 
 		 597 aa  887    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  77.64 
 
 		 598 aa  915    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  95.42 
 
 		 597 aa  1139    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  95.42 
 
 		 597 aa  1140    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  72.89 
 
 		 597 aa  880    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  95.6 
 
 		 597 aa  1142    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  89.63 
 
 		 598 aa  1063    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  72.11 
 
 		 597 aa  855    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  88.64 
 
 		 601 aa  1051    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  76.41 
 
 		 598 aa  890    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  54.14 
 
 		 588 aa  609  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  53.97 
 
 		 601 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  53.97 
 
 		 601 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  53.17 
 
 		 602 aa  608  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  52.93 
 
 		 601 aa  588  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  52.85 
 
 		 601 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  51.42 
 
 		 602 aa  584  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.15 
 
 		 602 aa  581  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.41 
 
 		 601 aa  579  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  50.52 
 
 		 601 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  48.59 
 
 		 611 aa  571  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  50.88 
 
 		 601 aa  557  1e-157  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  48.59 
 
 		 599 aa  550  1e-155  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 		 633 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  38.45 
 
 		 587 aa  389  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1145  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  37.06 
 
 		 607 aa  388  1e-106  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 603 aa  383  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 607 aa  379  1e-104  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 603 aa  379  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 		 633 aa  376  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.43 
 
 		 610 aa  372  1e-102  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 592 aa  369  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 603 aa  368  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  36.19 
 
 		 592 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 610 aa  367  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.91 
 
 		 610 aa  365  1e-99  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 610 aa  362  1e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 609 aa  358  9.999999999999999e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  33.69 
 
 		 610 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 598 aa  357  3.9999999999999996e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 594 aa  357  3.9999999999999996e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 596 aa  356  5.999999999999999e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 612 aa  354  2.9999999999999997e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 		 649 aa  348  1e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 590 aa  347  3e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 590 aa  347  3e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 		 607 aa  342  8e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 606 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 663 aa  337  5e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 		 606 aa  333  7.000000000000001e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 622 aa  332  1e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 605 aa  332  1e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 597 aa  331  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 599 aa  330  3e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 612 aa  330  4e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 606 aa  330  4e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 		 592 aa  329  7e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 610 aa  327  4.0000000000000003e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  33.17 
 
 		 637 aa  326  6e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 630 aa  326  7e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 617 aa  325  1e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 599 aa  323  4e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 602 aa  322  9.000000000000001e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 607 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 599 aa  320  5e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 		 592 aa  315  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 606 aa  313  3.9999999999999997e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 626 aa  313  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  33.74 
 
 		 611 aa  311  2e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 604 aa  310  4e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 604 aa  310  4e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 622 aa  310  4e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 595 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 613 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 620 aa  308  2.0000000000000002e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 		 602 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  34.04 
 
 		 606 aa  308  3e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 605 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 623 aa  307  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.1 
 
 		 604 aa  306  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 603 aa  305  1.0000000000000001e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 597 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 606 aa  303  6.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 596 aa  301  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  34.03 
 
 		 596 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 618 aa  301  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.33 
 
 		 602 aa  300  4e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.8 
 
 		 597 aa  299  8e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 604 aa  299  9e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.69 
 
 		 599 aa  299  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16820  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.71 
 
 		 603 aa  298  2e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.255817  normal  0.0373758 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 608 aa  298  2e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 597 aa  298  2e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 685 aa  296  5e-79  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.169636 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>