113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1579 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1579  TniB family protein  100 
 
 		 301 aa  620  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0154252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2523  TniB family protein  88.7 
 
 		 301 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.122196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1681  TniB family protein  89.37 
 
 		 301 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.844069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2935  TniB family protein  89.37 
 
 		 301 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.734369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4979  TniB family protein  87.71 
 
 		 301 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635243 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1646  TniB  38.41 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0124  putative NTP-binding protein TniB  38.18 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3578  TniB family protein  35.31 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0550246  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0203  TniB family protein  37.93 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461538 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3009  hypothetical protein  35.89 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00246617 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4044  NTP-binding protein TniB  35.89 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160827  normal  0.440608 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4973  NTP-binding protein TniB  35.89 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0899984  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2504  transposon transposition helper protein C, putative  36.81 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.059168  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1223  TniB family protein  38.38 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.985075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1347  TniB family protein  38.38 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2172  TniB family protein  38.38 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2647  TniB family protein  38.38 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288166  normal  0.0374868 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0157  transposition protein TniB  35.36 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6596  TniB family protein  37.41 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0057  transposition helper protein  35.52 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4904  TniB  36.9 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3259  TniB family protein  36.9 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112641 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6260  TniB  36.36 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3048  TniB  35.64 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.37719 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1174  transposition protein TniB  35.89 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4235  hypothetical protein  35.77 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.814526 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4221  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341366  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4305  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.893182  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4383  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0720685  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4603  TniB  35.55 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.956661  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0188  urease, alpha subunit  34.4 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4580  TniB  32.71 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0694  TniB  31.71 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.127413  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1591  TniB  31.71 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.545721  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0219  TniB family protein  29.61 
 
 		 325 aa  139  6e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.858856  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4686  TniB family protein  31.29 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.60041  normal  0.0211663 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4393  TniB  32.52 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5461  TniB family protein  33.33 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.93146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2132  TniB family protein  38.12 
 
 		 203 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.521965  normal  0.0287257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  33.64 
 
 		 497 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4287  TniB  32.29 
 
 		 440 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105258  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4507  TniB  28.03 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5454  TniB  34.34 
 
 		 167 aa  80.1  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5455  hypothetical protein  34.62 
 
 		 135 aa  67.8  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.201732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0016  AAA ATPase  27.01 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0976  TniB family protein  24.41 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.104789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0015  AAA ATPase  25.7 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0007  AAA ATPase  25.7 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0009  AAA ATPase  25.7 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0992238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0007  AAA ATPase  25.7 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2089  hypothetical protein  22.03 
 
 		 356 aa  57  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.705545  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0026  hypothetical protein  26.07 
 
 		 379 aa  56.2  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2266  hypothetical protein  24.02 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2234  AAA ATPase  28.28 
 
 		 304 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.389055  decreased coverage  0.000860852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2603  AAA ATPase  28.63 
 
 		 377 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0342788  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4753  hypothetical protein  25 
 
 		 362 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.713653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0017  hypothetical protein  26.1 
 
 		 335 aa  52.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1982  AAA ATPase  24.35 
 
 		 382 aa  52.4  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.135129 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3219  ATP/GTP-binding protein  25.1 
 
 		 342 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.184147  normal  0.517488 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2351  hypothetical protein  21.57 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363942 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06218  hypothetical protein  24.27 
 
 		 326 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6544  hypothetical protein  27.27 
 
 		 302 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1703  hypothetical protein  23.28 
 
 		 322 aa  49.7  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3151  hypothetical protein  26.56 
 
 		 312 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5217  hypothetical protein  26.56 
 
 		 312 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.213042 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5057  hypothetical protein  26.53 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.847367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1151  hypothetical protein  21.6 
 
 		 278 aa  48.1  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275843 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0612  ATP/GTP-binding protein  21.63 
 
 		 337 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.775808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3182  putative ATP/GTP-binding protein  21.63 
 
 		 337 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4741  AAA ATPase  28.57 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0029  transposition helper protein  25.68 
 
 		 311 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2452  AAA ATPase  23.89 
 
 		 371 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  hitchhiker  0.000127751 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2606  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.57 
 
 		 758 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1674  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.85 
 
 		 759 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.521832 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2692  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.57 
 
 		 758 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000885828  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2367  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  27.15 
 
 		 758 aa  45.8  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00887  ATPase and specificity subunit of ClpA-ClpP ATP-dependent serine protease, chaperone activity  28.48 
 
 		 710 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.234968  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1809  ATP-binding subunit of Clp protease and DnaK/DnaJ chaperones  22.29 
 
 		 705 aa  45.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000172721  hitchhiker  0.000000000383819 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5592  AAA ATPase  21.57 
 
 		 393 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2267  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  26.49 
 
 		 759 aa  45.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5416  AAA ATPase  21.57 
 
 		 393 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.740206 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1366  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  25.65 
 
 		 747 aa  45.4  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000942242  normal  0.444853 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4721  AAA ATPase  22.71 
 
 		 327 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.895386  normal  0.068339 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0980  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1044  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1063  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1013  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2760  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00164003  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00893  hypothetical protein  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.1419  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0986  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248309  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0955  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000349844  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2278  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0258572  normal  0.0153878 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2447  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  44.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0676288  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0947  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 763 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.031129  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1043  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  28.48 
 
 		 758 aa  45.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00918554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2982  TniB family protein  21.4 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1399  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  26.49 
 
 		 759 aa  43.9  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.103795 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3945  transposon Tn7 transposition protein TnsC  22.22 
 
 		 536 aa  43.9  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2893  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  27.91 
 
 		 752 aa  43.5  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243506  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2896  hypothetical protein  21.9 
 
 		 356 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>