42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0026 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0026  hypothetical protein  100 
 
 		 379 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2089  hypothetical protein  27.34 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.705545  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2537  hypothetical protein  31.18 
 
 		 357 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0730  transposition protein, putative  26.95 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.12407  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1191  hypothetical protein  23.51 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.360299  normal  0.2185 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0726  putative transposition protein  25.34 
 
 		 256 aa  74.3  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3213  hypothetical protein  26.92 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0459  transposition protein, putative  25 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0007  AAA ATPase  28.85 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0009  AAA ATPase  28.85 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0992238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0007  AAA ATPase  28.85 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0015  AAA ATPase  28.85 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1518  hypothetical protein  26.53 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558401  normal  0.288847 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3202  transposition protein, putative  22.87 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2935  TniB family protein  26.84 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.734369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1681  TniB family protein  26.84 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.844069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2523  TniB family protein  26.5 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.122196 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3578  TniB family protein  24.54 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0550246  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2603  AAA ATPase  24.9 
 
 		 377 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0342788  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4753  hypothetical protein  22.56 
 
 		 362 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.713653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1579  TniB family protein  26.07 
 
 		 301 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0154252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4979  TniB family protein  27.63 
 
 		 301 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0057  transposition helper protein  29.36 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0157  transposition protein TniB  24.35 
 
 		 286 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3259  TniB family protein  25.52 
 
 		 289 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112641 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4904  TniB  25.52 
 
 		 289 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2647  TniB family protein  25.51 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288166  normal  0.0374868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1347  TniB family protein  25.51 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1223  TniB family protein  25.51 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.985075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2172  TniB family protein  25.51 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6596  TniB family protein  24.58 
 
 		 289 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3009  hypothetical protein  23.62 
 
 		 302 aa  49.3  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00246617 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4044  NTP-binding protein TniB  23.62 
 
 		 302 aa  49.3  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160827  normal  0.440608 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4973  NTP-binding protein TniB  23.62 
 
 		 302 aa  49.3  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0899984  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4721  AAA ATPase  29.55 
 
 		 327 aa  48.5  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.895386  normal  0.068339 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4580  TniB  21.32 
 
 		 307 aa  46.6  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0219  TniB family protein  23.65 
 
 		 325 aa  46.6  0.0008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.858856  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1365  hypothetical protein  25.08 
 
 		 355 aa  45.8  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0838542  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0247  AAA ATPase  22.22 
 
 		 562 aa  44.3  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.472515 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6544  hypothetical protein  22.14 
 
 		 302 aa  44.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2351  hypothetical protein  21.65 
 
 		 310 aa  43.1  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363942 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1174  transposition protein TniB  30.91 
 
 		 302 aa  43.1  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>