More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2434 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  88.2 
 
 		 534 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  80.68 
 
 		 533 aa  890    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 534 aa  1101    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  88.58 
 
 		 534 aa  1010    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  81.25 
 
 		 533 aa  910    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  55.03 
 
 		 528 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  55.03 
 
 		 528 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  43.6 
 
 		 536 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  42.07 
 
 		 540 aa  376  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0322  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 531 aa  369  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  38.8 
 
 		 552 aa  352  1e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  39.39 
 
 		 539 aa  352  1e-95  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 532 aa  346  6e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  41.57 
 
 		 534 aa  343  5e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  37.99 
 
 		 537 aa  326  5e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  37.99 
 
 		 537 aa  326  5e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  37.99 
 
 		 537 aa  326  5e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4559  acyl-CoA synthetase  38.42 
 
 		 529 aa  324  2e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  37.55 
 
 		 522 aa  324  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  37.74 
 
 		 520 aa  318  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  37.28 
 
 		 516 aa  316  5e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  36.5 
 
 		 517 aa  317  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 530 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  38.65 
 
 		 521 aa  309  6.999999999999999e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.99 
 
 		 524 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 509 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  37.65 
 
 		 513 aa  305  9.000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  37.45 
 
 		 557 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 525 aa  303  5.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  37.5 
 
 		 529 aa  303  7.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 520 aa  300  3e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 519 aa  297  3e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 511 aa  296  5e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 521 aa  295  1e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 512 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.76 
 
 		 514 aa  294  2e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 516 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 		 520 aa  290  6e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  36.73 
 
 		 504 aa  286  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 531 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 512 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 528 aa  281  2e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  34.56 
 
 		 522 aa  281  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 509 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 518 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.3 
 
 		 565 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 499 aa  278  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 518 aa  276  8e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 515 aa  276  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 525 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 539 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 526 aa  274  3e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.23 
 
 		 517 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.23 
 
 		 517 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 515 aa  274  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.23 
 
 		 517 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 560 aa  272  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 517 aa  272  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 		 544 aa  272  1e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 564 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 523 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 501 aa  270  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 525 aa  270  5e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 511 aa  270  7e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 518 aa  269  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 515 aa  269  8e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.82 
 
 		 503 aa  268  1e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 520 aa  268  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  32.83 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 521 aa  267  2.9999999999999995e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 530 aa  267  2.9999999999999995e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  34.15 
 
 		 560 aa  267  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 508 aa  267  4e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 502 aa  267  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 502 aa  267  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 502 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 530 aa  266  8e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  32.78 
 
 		 557 aa  266  8e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 512 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2967  feruloyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3028  feruloyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1574  feruloyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 1043 aa  265  2e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  33.08 
 
 		 557 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 		 530 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4030  feruloyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3956  feruloyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3343  feruloyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  32.64 
 
 		 557 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  33.95 
 
 		 493 aa  264  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 509 aa  264  3e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 527 aa  263  4e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 		 518 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  32.67 
 
 		 576 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 502 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 559 aa  262  8.999999999999999e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 502 aa  262  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 519 aa  261  3e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0163  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.2 
 
 		 515 aa  260  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>