More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1349 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  43.44 
 
 		 928 aa  700    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  43.44 
 
 		 928 aa  700    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  43.07 
 
 		 945 aa  715    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  43.61 
 
 		 891 aa  699    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  41.66 
 
 		 915 aa  666    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  43.51 
 
 		 926 aa  746    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  40.74 
 
 		 932 aa  672    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  42.3 
 
 		 931 aa  654    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  43.33 
 
 		 906 aa  681    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  41.39 
 
 		 946 aa  639    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  40.74 
 
 		 932 aa  673    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  40.22 
 
 		 936 aa  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  39.88 
 
 		 978 aa  663    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  41.37 
 
 		 979 aa  659    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  39.94 
 
 		 979 aa  664    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  42.69 
 
 		 922 aa  680    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  41.8 
 
 		 917 aa  649    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  40.8 
 
 		 902 aa  655    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  39.94 
 
 		 1043 aa  654    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  43.33 
 
 		 928 aa  696    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0319  DNA polymerase I  40.62 
 
 		 926 aa  645    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  42.18 
 
 		 896 aa  682    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  41.75 
 
 		 896 aa  676    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1917  DNA polymerase I  38.76 
 
 		 890 aa  639    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.100077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  41.77 
 
 		 933 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0163  DNA polymerase A  40.71 
 
 		 906 aa  645    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  41.99 
 
 		 921 aa  677    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  40.74 
 
 		 932 aa  672    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  39.48 
 
 		 941 aa  645    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  40.69 
 
 		 902 aa  652    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  39.91 
 
 		 872 aa  659    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  39.68 
 
 		 916 aa  650    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  40 
 
 		 923 aa  647    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  40 
 
 		 923 aa  647    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  42.11 
 
 		 903 aa  701    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  44.35 
 
 		 892 aa  742    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  40.81 
 
 		 918 aa  654    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  45.48 
 
 		 891 aa  759    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  43.44 
 
 		 928 aa  700    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1645  DNA polymerase A  42.78 
 
 		 945 aa  683    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1500  DNA polymerase I  40.62 
 
 		 926 aa  645    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530484  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0179  DNA polymerase A  42.54 
 
 		 924 aa  714    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  40.62 
 
 		 926 aa  645    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  43.45 
 
 		 892 aa  692    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  42.34 
 
 		 939 aa  710    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  43.44 
 
 		 928 aa  700    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  41.83 
 
 		 915 aa  667    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  43.72 
 
 		 893 aa  731    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  41.71 
 
 		 930 aa  674    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  39.63 
 
 		 905 aa  654    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  39.72 
 
 		 915 aa  638    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1841  DNA polymerase I  43.03 
 
 		 885 aa  663    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  40.58 
 
 		 926 aa  649    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  44.16 
 
 		 949 aa  808    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  40 
 
 		 923 aa  645    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  41.13 
 
 		 945 aa  667    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  40.02 
 
 		 934 aa  642    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  43.42 
 
 		 926 aa  723    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  41.62 
 
 		 910 aa  652    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  41.99 
 
 		 935 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  42.04 
 
 		 892 aa  692    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  41.56 
 
 		 921 aa  669    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  42.4 
 
 		 915 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  43.71 
 
 		 928 aa  713    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  41.61 
 
 		 915 aa  659    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  40.97 
 
 		 942 aa  658    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  42.09 
 
 		 922 aa  675    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  41.45 
 
 		 935 aa  651    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  42.07 
 
 		 941 aa  662    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  39.86 
 
 		 976 aa  660    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  42.78 
 
 		 908 aa  685    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  40.26 
 
 		 928 aa  669    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  41 
 
 		 978 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  44.78 
 
 		 946 aa  795    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  40.14 
 
 		 1016 aa  654    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  40.23 
 
 		 951 aa  686    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  39.67 
 
 		 968 aa  655    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  42.43 
 
 		 922 aa  680    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  42.41 
 
 		 922 aa  678    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  44.16 
 
 		 912 aa  697    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  42.09 
 
 		 918 aa  672    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  43.82 
 
 		 893 aa  729    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  39.77 
 
 		 928 aa  640    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  41.99 
 
 		 921 aa  678    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  41.9 
 
 		 913 aa  650    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 930 aa  663    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  40.62 
 
 		 926 aa  645    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  42.05 
 
 		 930 aa  696    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1200  DNA polymerase I  40.47 
 
 		 903 aa  640    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  40.86 
 
 		 943 aa  664    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  43.33 
 
 		 928 aa  698    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1612  DNA polymerase I  44.04 
 
 		 902 aa  696    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  40.84 
 
 		 911 aa  665    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  42.37 
 
 		 922 aa  685    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  40.7 
 
 		 938 aa  674    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  42.23 
 
 		 893 aa  701    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0536  DNA polymerase I  43.75 
 
 		 946 aa  737    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  40.72 
 
 		 934 aa  677    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  42.89 
 
 		 904 aa  660    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  42.37 
 
 		 923 aa  685    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>