More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3539 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  100 
 
 		 358 aa  701    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  83.24 
 
 		 358 aa  592  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  82.12 
 
 		 358 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  79.89 
 
 		 358 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  82.12 
 
 		 358 aa  580  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  77.37 
 
 		 358 aa  560  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  76.54 
 
 		 354 aa  532  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  68.99 
 
 		 354 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  75.42 
 
 		 354 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  71.23 
 
 		 354 aa  485  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  62.57 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  63.13 
 
 		 358 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  62.01 
 
 		 358 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  61.73 
 
 		 358 aa  444  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  55.65 
 
 		 368 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  55.74 
 
 		 362 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  54.4 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  52.07 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.07 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  51.37 
 
 		 384 aa  366  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  52.34 
 
 		 358 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  52.46 
 
 		 358 aa  362  6e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  53.07 
 
 		 355 aa  342  5.999999999999999e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  49.86 
 
 		 355 aa  331  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.8 
 
 		 355 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  47.83 
 
 		 351 aa  294  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  50.58 
 
 		 354 aa  291  9e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  50 
 
 		 354 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  51.12 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  50.6 
 
 		 352 aa  276  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  49.22 
 
 		 350 aa  271  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.74 
 
 		 351 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.17 
 
 		 365 aa  262  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  49.51 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  48.26 
 
 		 347 aa  255  8e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  49.44 
 
 		 329 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  49.51 
 
 		 347 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 357 aa  245  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  49.51 
 
 		 344 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 373 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 349 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  39.55 
 
 		 345 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  39.61 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 348 aa  197  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 346 aa  195  8.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 352 aa  192  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  37.08 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  37.47 
 
 		 356 aa  190  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 352 aa  189  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.41 
 
 		 357 aa  186  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 357 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 357 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.16 
 
 		 350 aa  179  7e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.88 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 350 aa  173  5e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 357 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.03 
 
 		 357 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  34.73 
 
 		 355 aa  168  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  35.18 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 356 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  36.94 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 357 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 358 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  37.4 
 
 		 562 aa  149  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  33.71 
 
 		 358 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 357 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  33.62 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 381 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0567  putative branched-chain amino acid transport system permease  76.14 
 
 		 88 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.906507  normal  0.0208068 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 370 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.49 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 571 aa  134  1.9999999999999998e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  39.04 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.71 
 
 		 325 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 358 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 319 aa  126  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 328 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 300 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  33.88 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 326 aa  122  9e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 336 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>