More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1063 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  100 
 
 		 256 aa  517  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  97.27 
 
 		 256 aa  503  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  96.88 
 
 		 256 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  88.67 
 
 		 256 aa  447  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  89.06 
 
 		 256 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  72.24 
 
 		 467 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  72.24 
 
 		 467 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2815  ribonuclease III  72.24 
 
 		 467 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0543  ribonuclease III  72.24 
 
 		 467 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.610514  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2895  ribonuclease III  72.24 
 
 		 467 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2170  ribonuclease III  72.24 
 
 		 406 aa  346  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290031  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1789  ribonuclease III  72.24 
 
 		 467 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2840  ribonuclease III  72.24 
 
 		 467 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  71.9 
 
 		 441 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1730  ribonuclease III  74.27 
 
 		 469 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58141  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4246  ribonuclease III  71.84 
 
 		 408 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.749699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1092  ribonuclease III  71.84 
 
 		 409 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2899  ribonuclease III  77.72 
 
 		 418 aa  339  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.560315 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0654  ribonuclease III  71.84 
 
 		 409 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.988138  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1134  ribonuclease III  71.84 
 
 		 409 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1085  ribonuclease III  77.72 
 
 		 428 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1014  ribonuclease III  71.02 
 
 		 425 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1010  ribonuclease III  71.02 
 
 		 425 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316011  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  73.87 
 
 		 263 aa  334  9e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  72.85 
 
 		 263 aa  305  3e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  61.4 
 
 		 230 aa  268  8e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  62.31 
 
 		 226 aa  251  6e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  59.43 
 
 		 222 aa  248  5e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  59.63 
 
 		 233 aa  248  9e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  58.26 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  61.61 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0863  ribonuclease III  58.74 
 
 		 248 aa  242  5e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.016205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1007  ribonuclease III  58.74 
 
 		 248 aa  242  5e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0279333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  60.95 
 
 		 228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  60 
 
 		 233 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  53.42 
 
 		 227 aa  231  9e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  60.1 
 
 		 228 aa  229  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  53.88 
 
 		 222 aa  228  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  53 
 
 		 225 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  52.53 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0598  ribonuclease III  50.69 
 
 		 228 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243515 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  56.68 
 
 		 226 aa  223  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  52.51 
 
 		 223 aa  223  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  52.07 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  56.68 
 
 		 226 aa  221  8e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  59.11 
 
 		 228 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  59.11 
 
 		 228 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  50.46 
 
 		 233 aa  219  5e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  55.76 
 
 		 226 aa  218  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  56.22 
 
 		 226 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  55.3 
 
 		 226 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  51.61 
 
 		 229 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  55.76 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  55.76 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  55.76 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  55.3 
 
 		 226 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  55.3 
 
 		 226 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  55.3 
 
 		 226 aa  214  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  54.84 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  53.02 
 
 		 243 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  55.71 
 
 		 233 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  55.98 
 
 		 225 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  52.43 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  52.43 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  52.43 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  52.91 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  52.43 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  52.43 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  52.43 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  50.46 
 
 		 226 aa  208  8e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  53.99 
 
 		 225 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  53.7 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  52.45 
 
 		 226 aa  205  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3071  ribonuclease III  51.96 
 
 		 226 aa  205  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  50.93 
 
 		 228 aa  205  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  51.57 
 
 		 266 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  51.47 
 
 		 226 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1204  ribonuclease III  51.96 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.401784  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  53 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3238  ribonuclease III  50 
 
 		 247 aa  201  9e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.257375  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  53 
 
 		 234 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  52.09 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  52.09 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  51.63 
 
 		 228 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0650  ribonuclease III  48.28 
 
 		 248 aa  199  5e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.314508  normal  0.397443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  50.46 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  52.4 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  50.68 
 
 		 224 aa  195  6e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  50.68 
 
 		 224 aa  195  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1136  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  194  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0329439  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1189  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  194  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.17286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3611  ribonuclease III  52.43 
 
 		 226 aa  194  9e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228874  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>