More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1133 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  80.85 
 
 		 519 aa  880    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 518 aa  1061    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  50.38 
 
 		 518 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  48.46 
 
 		 520 aa  501  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  50.77 
 
 		 518 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  50.96 
 
 		 518 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  49.32 
 
 		 515 aa  490  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  47.98 
 
 		 518 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  47.97 
 
 		 516 aa  484  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  48.94 
 
 		 515 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  48.16 
 
 		 514 aa  467  9.999999999999999e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  48.94 
 
 		 515 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  45.65 
 
 		 520 aa  461  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  46.03 
 
 		 518 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  45.79 
 
 		 524 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  48.63 
 
 		 502 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  41.37 
 
 		 520 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  41.6 
 
 		 500 aa  367  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  41.65 
 
 		 502 aa  365  2e-99  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 		 526 aa  360  3e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  41.59 
 
 		 520 aa  359  7e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  41.4 
 
 		 511 aa  339  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  38.72 
 
 		 531 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 		 520 aa  336  7.999999999999999e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 		 521 aa  334  2e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.03 
 
 		 519 aa  334  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 		 509 aa  332  1e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 523 aa  330  3e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 		 530 aa  330  4e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  39.24 
 
 		 525 aa  329  9e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  38.27 
 
 		 1043 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 		 509 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  39.88 
 
 		 503 aa  327  3e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 		 518 aa  326  5e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.24 
 
 		 525 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 		 526 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 		 515 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38 
 
 		 527 aa  324  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.94 
 
 		 525 aa  323  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  38.38 
 
 		 531 aa  323  6e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 512 aa  323  6e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.62 
 
 		 525 aa  322  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  39.55 
 
 		 499 aa  322  9.999999999999999e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  39.11 
 
 		 517 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  39.45 
 
 		 518 aa  320  3e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 		 512 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 		 526 aa  318  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.55 
 
 		 530 aa  318  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.04 
 
 		 525 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  40.58 
 
 		 532 aa  317  3e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.55 
 
 		 525 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.85 
 
 		 513 aa  314  2.9999999999999996e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  38.91 
 
 		 521 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  37.67 
 
 		 513 aa  313  4.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 		 540 aa  312  6.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.96 
 
 		 525 aa  312  9e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 515 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  36.65 
 
 		 565 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.15 
 
 		 517 aa  311  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.15 
 
 		 517 aa  311  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.15 
 
 		 517 aa  311  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  38.09 
 
 		 518 aa  310  5e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 517 aa  310  5e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.55 
 
 		 529 aa  309  5.9999999999999995e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 		 530 aa  309  6.999999999999999e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.66 
 
 		 526 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0588  AMP-dependent synthetase and ligase  38.95 
 
 		 515 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.204195  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 515 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 		 534 aa  307  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  37.38 
 
 		 514 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  37.84 
 
 		 520 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  38.42 
 
 		 522 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 		 551 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  40.73 
 
 		 521 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 		 520 aa  302  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 516 aa  302  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 527 aa  301  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 		 527 aa  301  2e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 512 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  36.98 
 
 		 508 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.27 
 
 		 514 aa  300  3e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  38.12 
 
 		 521 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  37.6 
 
 		 502 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 536 aa  299  7e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 496 aa  299  8e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  37.82 
 
 		 506 aa  299  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 		 508 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  37.05 
 
 		 508 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 539 aa  298  2e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  37.52 
 
 		 516 aa  297  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 517 aa  296  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 569 aa  296  5e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 517 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 517 aa  296  8e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  33.07 
 
 		 496 aa  295  1e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  33.07 
 
 		 496 aa  295  1e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 		 501 aa  294  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  37.72 
 
 		 526 aa  295  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 517 aa  295  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  38.12 
 
 		 521 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>