More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0588 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2165  AMP-dependent synthetase and ligase  62.67 
 
 
511 aa  641    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.708059 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0588  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
515 aa  1039    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.204195  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8058  AMP-dependent synthetase and ligase  59.62 
 
 
514 aa  600  1e-170  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0056  AMP-dependent synthetase and ligase  60.31 
 
 
517 aa  597  1e-169  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2009  AMP-dependent synthetase and ligase  61.29 
 
 
521 aa  598  1e-169  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.11837  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  59.38 
 
 
511 aa  589  1e-167  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2139  AMP-dependent synthetase and ligase  58.22 
 
 
510 aa  561  1.0000000000000001e-159  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00340714  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  43.82 
 
 
531 aa  409  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  41.84 
 
 
530 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  43.57 
 
 
560 aa  386  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1369  AMP-dependent synthetase and ligase  41.56 
 
 
541 aa  370  1e-101  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00896755  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  41.45 
 
 
532 aa  368  1e-100  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0820  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 
538 aa  358  9.999999999999999e-98  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.594452 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4009  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 
540 aa  357  1.9999999999999998e-97  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3355  AMP-dependent synthetase and ligase  41.09 
 
 
537 aa  356  6.999999999999999e-97  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  41.84 
 
 
523 aa  355  1e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5356  AMP-dependent synthetase and ligase  44.42 
 
 
523 aa  352  5.9999999999999994e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7038  hypothetical protein  41.57 
 
 
544 aa  345  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1658  acyl-CoA synthetase  40.49 
 
 
542 aa  345  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.125326  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3817  acyl-CoA synthetase  40.19 
 
 
539 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.710335  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25250  acyl-CoA synthetase  40.89 
 
 
540 aa  340  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0030  AMP-dependent synthetase and ligase  40.07 
 
 
541 aa  340  4e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4911  AMP-dependent synthetase and ligase  39.56 
 
 
550 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2093  acyl-CoA synthetase  39.47 
 
 
542 aa  334  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100174  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6506  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 
545 aa  335  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00389964  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5939  AMP-dependent synthetase and ligase  40.75 
 
 
559 aa  333  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0900  acyl-CoA synthetase  40.07 
 
 
540 aa  332  8e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0183173  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1170  acyl-CoA synthetase  38.84 
 
 
543 aa  332  9e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0279011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2689  AMP-dependent synthetase and ligase  41.08 
 
 
543 aa  331  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.586965  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  38.65 
 
 
542 aa  330  3e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.656252  hitchhiker  0.0000000000010579 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09660  acyl-CoA synthetase  39.89 
 
 
540 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00865902  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2221  acyl-CoA synthetase  41 
 
 
540 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3119  acyl-CoA synthetase  39.07 
 
 
549 aa  329  8e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.186561  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4913  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 
545 aa  329  8e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3250  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 
545 aa  329  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0550813  normal  0.598947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2795  acyl-CoA synthetase  39.11 
 
 
548 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  39.59 
 
 
542 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591871  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  41.15 
 
 
544 aa  327  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3553  acyl-CoA synthetase  40.8 
 
 
540 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817597  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3590  AMP-dependent synthetase and ligase  40.37 
 
 
547 aa  326  6e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2369  acyl-CoA synthetase  40.5 
 
 
540 aa  326  7e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4096  acyl-CoA synthetase  38.2 
 
 
547 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0212968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2080  AMP-dependent synthetase and ligase  41.08 
 
 
543 aa  325  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0683  AMP-dependent synthetase and ligase  39.15 
 
 
550 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000214245  normal  0.363431 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2684  acyl-CoA synthetase  38.27 
 
 
549 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 
545 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2483  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 
548 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.279875  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6026  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 
550 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2329  AMP-dependent synthetase and ligase  40.46 
 
 
521 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.247287  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2709  acyl-CoA synthetase  37.83 
 
 
549 aa  319  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1570  acyl-CoA synthetase  38.55 
 
 
549 aa  318  1e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.228906  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6221  AMP-dependent synthetase and ligase  39.03 
 
 
550 aa  317  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 
548 aa  317  5e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05602  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6109  AMP-dependent synthetase and ligase  39.44 
 
 
558 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.649133  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0063  AMP-dependent synthetase and ligase  41.09 
 
 
550 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.488746  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 
549 aa  314  1.9999999999999998e-84  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 
652 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.497537  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  38.4 
 
 
550 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35940  acyl-CoA synthetase  39.25 
 
 
548 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0629004  hitchhiker  4.55863e-16 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2720  acyl-CoA synthetase  37.94 
 
 
549 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120351  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0833  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 
541 aa  312  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0919846  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  40.73 
 
 
520 aa  312  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 
550 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0896483  normal  0.0414381 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0511  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
551 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  38.74 
 
 
518 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2005  acyl-CoA synthetase  37.38 
 
 
547 aa  309  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0857661  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4259  AMP-binding protein  35.94 
 
 
541 aa  308  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3533  acyl-CoA synthetase  37.73 
 
 
546 aa  306  7e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.8024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2536  acyl-CoA synthetase  35.91 
 
 
558 aa  305  9.000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1108  acyl-CoA synthetase  38.96 
 
 
551 aa  306  9.000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4590  acyl-CoA synthetase  38.96 
 
 
551 aa  306  9.000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.907923 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4308  acyl-CoA synthetase  38.27 
 
 
544 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458975  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0024  acyl-CoA synthetase  37.94 
 
 
544 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.702064 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4540  AMP-dependent synthetase and ligase  40.6 
 
 
543 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143365  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6424  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 
551 aa  303  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0019  acyl-CoA synthetase  37.71 
 
 
544 aa  303  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4171  AMP-dependent synthetase and ligase  41.17 
 
 
543 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0226  acyl-CoA synthetase  36.19 
 
 
545 aa  302  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00200455  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1502  AMP-dependent synthetase and ligase  41.11 
 
 
545 aa  301  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5768  acyl-CoA synthetase  38.13 
 
 
544 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.915964  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3713  acyl-CoA synthetase  38.58 
 
 
550 aa  297  4e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2306  acyl-CoA synthetase  39.66 
 
 
553 aa  296  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0993  acyl-CoA synthetase  39.66 
 
 
553 aa  296  6e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.936979  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4191  acyl-CoA synthetase  38.35 
 
 
550 aa  296  7e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408436  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1394  acyl-CoA synthetase  39.29 
 
 
553 aa  296  8e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592914  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0509  acyl-CoA synthetase  39.29 
 
 
553 aa  296  8e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2076  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 
556 aa  295  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0086171 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0138  acyl-CoA synthetase  39.1 
 
 
553 aa  295  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1474  acyl-CoA synthetase  39.1 
 
 
553 aa  295  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1076  acyl-CoA synthetase  39.29 
 
 
553 aa  294  3e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0193  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 
554 aa  293  5e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3222  acyl-CoA synthetase  38.16 
 
 
550 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.831142  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  38.23 
 
 
549 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1565  AMP-dependent synthetase and ligase  37.8 
 
 
543 aa  292  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4071  acyl-CoA synthetase  38.16 
 
 
550 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4295  acyl-CoA synthetase  38.16 
 
 
550 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1724  acyl-CoA synthetase  38.13 
 
 
556 aa  291  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277595  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0180  AMP-dependent synthetase and ligase family protein  35.03 
 
 
554 aa  290  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.115712 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1686  acyl-CoA synthetase  39.1 
 
 
553 aa  289  9e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  37.19 
 
 
519 aa  289  9e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>