More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0445 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0281  aminotransferase class I and II  85.5 
 
 		 408 aa  685    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0769639  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0376  aminotransferase, class I and II  88.48 
 
 		 420 aa  703    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0445  aminotransferase, class I and II  100 
 
 		 412 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0089  aminotransferase, class I and II  73.93 
 
 		 423 aa  632  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.789487  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0275  aminotransferase, class I and II  79.47 
 
 		 438 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0132  aminotransferase  74.33 
 
 		 404 aa  621  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0082  aminotransferase, class I and II  73.46 
 
 		 423 aa  614  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1842  aminotransferase class I and II  58.21 
 
 		 416 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.134959  normal  0.168146 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1301  aminotransferase class I and II  47.06 
 
 		 413 aa  336  3.9999999999999995e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54822 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1494  aminotransferase  48.68 
 
 		 392 aa  329  7e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0109617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0144  aminotransferase, class I and II  48.44 
 
 		 392 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.680923  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2899  aminotransferase, class I and II  48.95 
 
 		 392 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24547  normal  0.890178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0427  aminotransferase  46.13 
 
 		 393 aa  317  4e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2672  aminotransferase, class I and II  49.23 
 
 		 397 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0059  aminotransferase  45.19 
 
 		 392 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.419945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0060  aminotransferase class I and II  46.6 
 
 		 393 aa  301  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.119317  hitchhiker  0.0000032787 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4601  aminotransferase class I and II  45.38 
 
 		 398 aa  297  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3706  aminotransferase  42.3 
 
 		 460 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1386  succinyldiaminopimelate transaminase  43.41 
 
 		 396 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.849578 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2603  succinyldiaminopimelate transaminase  42.89 
 
 		 407 aa  283  3.0000000000000004e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1491  succinyldiaminopimelate transaminase  41.94 
 
 		 398 aa  280  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.997861  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1480  succinyldiaminopimelate transaminase  42.38 
 
 		 402 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1531  aminotransferase, classes I and II  42.78 
 
 		 397 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1098  succinyldiaminopimelate transaminase  43.41 
 
 		 399 aa  276  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2485  succinyldiaminopimelate transaminase  41.56 
 
 		 400 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2515  succinyldiaminopimelate transaminase  41.96 
 
 		 407 aa  273  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0393  succinyldiaminopimelate transaminase  38.04 
 
 		 408 aa  273  5.000000000000001e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17030  succinyldiaminopimelate transaminase  41.86 
 
 		 402 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  42.53 
 
 		 397 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.313049 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0439  succinyldiaminopimelate transaminase  38.4 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2193  succinyldiaminopimelate transaminase  43.15 
 
 		 397 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3617  succinyldiaminopimelate transaminase  41.52 
 
 		 401 aa  270  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115899  normal  0.0503817 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1269  aminotransferase class I and II  39.74 
 
 		 395 aa  270  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.58359 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1032  succinyldiaminopimelate transaminase  42.97 
 
 		 397 aa  270  5e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0252  succinyldiaminopimelate transaminase  41.65 
 
 		 401 aa  268  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0555  succinyldiaminopimelate transaminase  38.29 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1866  succinyldiaminopimelate transaminase  43.48 
 
 		 396 aa  267  2.9999999999999995e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.402909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1153  succinyldiaminopimelate transaminase  40.56 
 
 		 398 aa  266  5.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1891  succinyldiaminopimelate transaminase  41.49 
 
 		 399 aa  266  7e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3056  succinyldiaminopimelate transaminase  41.37 
 
 		 398 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.433541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1221  succinyldiaminopimelate transaminase  41.98 
 
 		 398 aa  265  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1469  aminotransferase, class I and II  41.88 
 
 		 399 aa  265  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1850  succinyldiaminopimelate transaminase  41.03 
 
 		 397 aa  263  4e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0598613  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2124  succinyldiaminopimelate transaminase  39.8 
 
 		 399 aa  263  6e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4085  succinyldiaminopimelate transaminase  41.34 
 
 		 398 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.930262 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0044  succinyldiaminopimelate transaminase  40.15 
 
 		 405 aa  262  8.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1807  succinyldiaminopimelate transaminase  40.51 
 
 		 400 aa  261  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1143  succinyldiaminopimelate transaminase  40.61 
 
 		 399 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385883  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2720  succinyldiaminopimelate transaminase  40.66 
 
 		 403 aa  259  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0250139  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0560  succinyldiaminopimelate transaminase  40.41 
 
 		 399 aa  258  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1588  succinyldiaminopimelate transaminase  40.57 
 
 		 398 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.133702  normal  0.347765 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2551  aminotransferase, class I and II  39.03 
 
 		 400 aa  256  4e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.138065  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39020  succinyldiaminopimelate transaminase  41.34 
 
 		 398 aa  256  5e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0524021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0274  succinyldiaminopimelate transaminase  39.74 
 
 		 409 aa  255  8e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4189  succinyldiaminopimelate transaminase  40.1 
 
 		 398 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.199864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1889  succinyldiaminopimelate transaminase  41.58 
 
 		 404 aa  252  7e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2066  succinyldiaminopimelate transaminase  41.33 
 
 		 404 aa  252  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.595829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1394  succinyldiaminopimelate transaminase  38.78 
 
 		 417 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1671  succinyldiaminopimelate transaminase  39.43 
 
 		 405 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5338  succinyldiaminopimelate transaminase  40.21 
 
 		 410 aa  250  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1930  succinyldiaminopimelate transaminase  39.25 
 
 		 420 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2048  succinyldiaminopimelate transaminase  39.95 
 
 		 410 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6048  succinyldiaminopimelate transaminase  39.95 
 
 		 410 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2061  succinyldiaminopimelate transaminase  40.49 
 
 		 387 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2029  succinyldiaminopimelate transaminase  39.95 
 
 		 410 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2466  succinyldiaminopimelate transaminase  38.92 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138526 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1997  succinyldiaminopimelate transaminase  38.89 
 
 		 405 aa  246  8e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.356902 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1248  succinyldiaminopimelate transaminase  39.65 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1727  succinyldiaminopimelate transaminase  40.16 
 
 		 396 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.963211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1331  succinyldiaminopimelate transaminase  37.5 
 
 		 399 aa  244  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.785266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1267  succinyldiaminopimelate transaminase  36.99 
 
 		 399 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589506  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2017  succinyldiaminopimelate transaminase  39.66 
 
 		 420 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1813  succinyldiaminopimelate transaminase  38.58 
 
 		 402 aa  241  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1348  succinyldiaminopimelate transaminase  37.95 
 
 		 434 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.248718 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1821  aminotransferase, classes I and II  40.66 
 
 		 406 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  40.65 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1565  succinyldiaminopimelate transaminase  40.65 
 
 		 415 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155441  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3244  succinyldiaminopimelate transaminase  40.65 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667849  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2504  succinyldiaminopimelate transaminase  40.65 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2068  succinyldiaminopimelate transaminase  40.65 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.854431  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1498  aminotransferase class I and II  40.66 
 
 		 401 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.632779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2448  succinyldiaminopimelate transaminase  40.4 
 
 		 410 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.805274  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2047  succinyldiaminopimelate transaminase  37.81 
 
 		 409 aa  236  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1424  succinyldiaminopimelate transaminase  39.43 
 
 		 410 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000365494  normal  0.0284066 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0491  aminotransferase class I and II  32.32 
 
 		 376 aa  204  3e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3944  aminotransferase class I and II  36.39 
 
 		 388 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0759  hypothetical protein  34.54 
 
 		 378 aa  196  7e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3971  aminotransferase class I and II  35.85 
 
 		 396 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3830  succinyldiaminopimelate aminotransferase  35.58 
 
 		 383 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3893  aminotransferase class I and II  35.58 
 
 		 396 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1002  aminotransferase class I and II  30.16 
 
 		 386 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0054  aminotransferase, class I and II  33.24 
 
 		 388 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.848733 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3098  aminotransferase class I and II  32.99 
 
 		 388 aa  173  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00347911  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1381  LL-diaminopimelate aminotransferase  32.22 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.704356  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0669  LL-diaminopimelate aminotransferase  30.73 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000400869  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0074  aminotransferase  33.79 
 
 		 405 aa  162  8.000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0739  LL-diaminopimelate aminotransferase  30.21 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_646  class I/II aminotransferase  30.21 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.552452  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1695  LL-diaminopimelate aminotransferase  29.87 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.126823  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0361  LL-diaminopimelate aminotransferase  29.6 
 
 		 389 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0125788 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>