More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0295 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 
266 aa  545  1e-154  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  97.37 
 
 
266 aa  535  1e-151  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  63.74 
 
 
264 aa  340  2e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  48.5 
 
 
277 aa  252  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  44.29 
 
 
305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  44.27 
 
 
310 aa  223  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  43.23 
 
 
309 aa  218  6e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  43.94 
 
 
280 aa  216  2e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  46.15 
 
 
250 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  46.15 
 
 
250 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  43.04 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  46.61 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  42.61 
 
 
250 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  43.23 
 
 
248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  47.41 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 
263 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.12 
 
 
253 aa  193  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.69 
 
 
257 aa  194  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.12 
 
 
253 aa  193  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  46.12 
 
 
253 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.74 
 
 
250 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.26 
 
 
257 aa  192  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  44.34 
 
 
252 aa  192  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  41.92 
 
 
250 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  43.62 
 
 
258 aa  188  8e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  45.33 
 
 
250 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  45.09 
 
 
250 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  44.89 
 
 
250 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.44 
 
 
250 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
254 aa  185  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 
254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.72 
 
 
260 aa  182  7e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  42.24 
 
 
263 aa  179  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  39.08 
 
 
258 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.48 
 
 
243 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  42.13 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  42.79 
 
 
256 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  40.97 
 
 
258 aa  169  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  43.48 
 
 
261 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  41.92 
 
 
258 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.27 
 
 
243 aa  168  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  39.13 
 
 
263 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.35 
 
 
255 aa  167  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  39.57 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  37.61 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.97 
 
 
243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.27 
 
 
243 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.91 
 
 
243 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  43.3 
 
 
258 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.48 
 
 
244 aa  162  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4769  arginine-binding periplasmic protein 2  37.18 
 
 
246 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.129317  normal  0.0665997 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4748  arginine-binding periplasmic protein 2  37.18 
 
 
246 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00354956  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4629  arginine-binding periplasmic protein 2  37.18 
 
 
246 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336124  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.91 
 
 
243 aa  162  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  37.18 
 
 
246 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.38 
 
 
243 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  37 
 
 
243 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  37 
 
 
243 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37 
 
 
243 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 
255 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 
268 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
248 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.52 
 
 
245 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.52 
 
 
245 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.52 
 
 
243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.52 
 
 
243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.52 
 
 
243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.79 
 
 
244 aa  155  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.38 
 
 
268 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.7 
 
 
249 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.29 
 
 
243 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  40.52 
 
 
269 aa  153  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  37.34 
 
 
255 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.35 
 
 
282 aa  152  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1094  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.11 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382529  normal  0.0677014 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  37.34 
 
 
243 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.34 
 
 
243 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  37.34 
 
 
243 aa  152  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.09 
 
 
243 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6800  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 
259 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.8606  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  40.09 
 
 
269 aa  149  3e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  38.98 
 
 
265 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4841  extracellular solute-binding protein  37.66 
 
 
259 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.608491  normal  0.182351 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.65 
 
 
243 aa  149  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  35.65 
 
 
243 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.65 
 
 
243 aa  149  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  35.65 
 
 
243 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.65 
 
 
243 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.65 
 
 
243 aa  149  7e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.65 
 
 
243 aa  149  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  41.35 
 
 
265 aa  148  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.48 
 
 
243 aa  148  9e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  36.48 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.48 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  34.1 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.48 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  36.48 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4286  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 
259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0413144  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.48 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>