More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_5121 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 299 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  79.6 
 
 		 311 aa  487  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  79.6 
 
 		 311 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  75.84 
 
 		 298 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  76.17 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  65.89 
 
 		 300 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  64.88 
 
 		 300 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  65.22 
 
 		 300 aa  376  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  60.74 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  66.22 
 
 		 300 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  59.66 
 
 		 303 aa  369  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  66.22 
 
 		 300 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  60.87 
 
 		 307 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  61.17 
 
 		 309 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  63.57 
 
 		 309 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  59.73 
 
 		 308 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  61.69 
 
 		 313 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  56.23 
 
 		 301 aa  319  3.9999999999999996e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  55.03 
 
 		 302 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  59.73 
 
 		 302 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  54 
 
 		 302 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  49.83 
 
 		 305 aa  297  1e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  47.35 
 
 		 301 aa  275  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  46.39 
 
 		 310 aa  261  8.999999999999999e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  38.75 
 
 		 346 aa  196  4.0000000000000005e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  38.21 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  40.65 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  38.24 
 
 		 297 aa  152  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  35.67 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  36.6 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  30.35 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  30.57 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  29.74 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  31.54 
 
 		 800 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  26.87 
 
 		 807 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  30.94 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  31.1 
 
 		 818 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  25.69 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  28.62 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  29.64 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  29.17 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  29.11 
 
 		 1215 aa  77  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  27.78 
 
 		 804 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  27.55 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  23.89 
 
 		 780 aa  76.3  0.0000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  28.21 
 
 		 1223 aa  75.9  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  28.48 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0118  methionine synthase (B12-dependent)  28.19 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0167  homocysteine S-methyltransferase  28.48 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3503  methionine synthase  24.92 
 
 		 1212 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.929135  normal  0.479801 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  29.6 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  28.52 
 
 		 1169 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  25.46 
 
 		 1227 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1661  methionine synthase  26.1 
 
 		 1176 aa  71.2  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.158089  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  30.65 
 
 		 841 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  28.85 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  25.99 
 
 		 774 aa  70.9  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  24.92 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.13 
 
 		 605 aa  70.1  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.07 
 
 		 617 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  25.41 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1524  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.8 
 
 		 615 aa  69.3  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  23.32 
 
 		 791 aa  69.7  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  28.53 
 
 		 803 aa  69.3  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2492  methionine synthase (B12-dependent)  25.24 
 
 		 1224 aa  69.3  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2437  methionine synthase (B12-dependent)  28.84 
 
 		 352 aa  69.3  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1861  homocysteine S-methyltransferase  27.15 
 
 		 434 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1670  homocysteine S-methyltransferase family protein  23.71 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  28.93 
 
 		 813 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4383  homocysteine S-methyltransferase  29.22 
 
 		 578 aa  68.9  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  29.17 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  26.48 
 
 		 1232 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0169  homocysteine S-methyltransferase  26.82 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0460  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  27.68 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  26.69 
 
 		 1263 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0923  putative methionine synthase  27.85 
 
 		 1188 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.554379  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0102  homocysteine S-methyltransferase  27.11 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0087  methionine synthase (B12-dependent)  27.58 
 
 		 355 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.398145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1406  homocysteine S-methyltransferase, putative  23.21 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3230  methionine synthase  26.48 
 
 		 1183 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0172  methionine synthase (B12-dependent)  26.99 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.727422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1847  methionine synthase (B12-dependent)  27.37 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  30.23 
 
 		 802 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  28.27 
 
 		 346 aa  67  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  28.57 
 
 		 346 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.34 
 
 		 616 aa  66.6  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0115  homocysteine S-methyltransferase  28.53 
 
 		 351 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.165107 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  28.43 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0191  homocysteine S-methyltransferase  27.68 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0657  methionine synthase  26.79 
 
 		 1238 aa  66.2  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2031  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  23.89 
 
 		 1163 aa  66.2  0.0000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  29.49 
 
 		 1168 aa  66.2  0.0000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09841  putative methionine synthase  27.53 
 
 		 1188 aa  66.2  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  25.98 
 
 		 1286 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0156  homocysteine S-methyltransferase  28.57 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6259  methionine synthase (B12-dependent)  27.13 
 
 		 372 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  27.62 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  29.97 
 
 		 806 aa  65.9  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  28.14 
 
 		 1227 aa  65.9  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1195  methionine synthase  27.68 
 
 		 370 aa  65.9  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>