110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3537 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  100 
 
 		 304 aa  634    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  95.07 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  95.07 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  91.12 
 
 		 304 aa  590  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  68.46 
 
 		 291 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  66.56 
 
 		 293 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  62.79 
 
 		 310 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  56.72 
 
 		 352 aa  324  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  50.34 
 
 		 327 aa  298  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  48.34 
 
 		 317 aa  296  3e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  45.88 
 
 		 351 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  45.48 
 
 		 355 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  45.03 
 
 		 351 aa  291  9e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  45.03 
 
 		 351 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  45.19 
 
 		 355 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  43.99 
 
 		 346 aa  290  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  45.77 
 
 		 355 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  45.03 
 
 		 352 aa  288  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  52.51 
 
 		 343 aa  287  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  44.64 
 
 		 352 aa  286  4e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  44.31 
 
 		 355 aa  286  4e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  51.15 
 
 		 313 aa  285  7e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  44.31 
 
 		 372 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  50.38 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  43.62 
 
 		 353 aa  278  8e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  46 
 
 		 350 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  46.74 
 
 		 282 aa  256  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  40.56 
 
 		 337 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  45.76 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  43.29 
 
 		 269 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  43.86 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  44.16 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  42.15 
 
 		 675 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  41.84 
 
 		 675 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.83 
 
 		 689 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  38.93 
 
 		 773 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  40.24 
 
 		 669 aa  179  4e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  38.55 
 
 		 698 aa  179  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  35.74 
 
 		 331 aa  178  8e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  39.43 
 
 		 721 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 694 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  39.02 
 
 		 721 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  38.2 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.02 
 
 		 726 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  37.4 
 
 		 728 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  39.66 
 
 		 708 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.2 
 
 		 699 aa  170  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  37.59 
 
 		 369 aa  169  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  40.34 
 
 		 691 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  37.59 
 
 		 357 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  41.1 
 
 		 329 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  36.6 
 
 		 358 aa  169  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  39.66 
 
 		 712 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  39.24 
 
 		 329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  37.77 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  37.39 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  37.6 
 
 		 333 aa  155  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  40.53 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  35.74 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  36.55 
 
 		 361 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  32.5 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  32.49 
 
 		 671 aa  127  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  35.14 
 
 		 407 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  36.2 
 
 		 407 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  35.48 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  33.07 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  50.43 
 
 		 139 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  29.53 
 
 		 343 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  29.55 
 
 		 347 aa  95.9  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  36.43 
 
 		 181 aa  92.4  9e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  48.42 
 
 		 130 aa  89.7  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  54.32 
 
 		 125 aa  85.9  7e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  48.65 
 
 		 79 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  28.09 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  28.09 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  28.09 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1563  cytochrome c-like protein  32.58 
 
 		 145 aa  53.5  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  39.02 
 
 		 678 aa  52.4  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  29.07 
 
 		 209 aa  50.1  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  33.33 
 
 		 182 aa  50.1  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  33.33 
 
 		 182 aa  50.1  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2863  hypothetical protein  31.58 
 
 		 265 aa  49.3  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  37.36 
 
 		 196 aa  48.5  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  30.97 
 
 		 200 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  28.36 
 
 		 280 aa  48.1  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  30.84 
 
 		 239 aa  47.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  37.36 
 
 		 647 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  31.86 
 
 		 185 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  27.78 
 
 		 288 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  36.26 
 
 		 636 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  29.03 
 
 		 188 aa  45.8  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  29.91 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2838  quinoprotein glucose dehydrogenase  37.78 
 
 		 126 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.158282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3786  cytochrome c class I  40.32 
 
 		 160 aa  45.4  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117464  normal  0.511619 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4062  cytochrome c class I  40.32 
 
 		 160 aa  45.4  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3241  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 415 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0294244  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5127  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 415 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  35.16 
 
 		 647 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5154  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 401 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  28.43 
 
 		 188 aa  44.3  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>