103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0193 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  100 
 
 		 327 aa  674    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  66.8 
 
 		 313 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  65.25 
 
 		 309 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  53.44 
 
 		 291 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  56.76 
 
 		 352 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  52.77 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  55.6 
 
 		 343 aa  303  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  48.72 
 
 		 304 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  49.03 
 
 		 304 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  49.51 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  50.5 
 
 		 317 aa  298  1e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  49.83 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  47.88 
 
 		 310 aa  295  6e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  50.57 
 
 		 282 aa  275  9e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  39.54 
 
 		 350 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  43.4 
 
 		 352 aa  258  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  40.75 
 
 		 351 aa  255  8e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  40.17 
 
 		 351 aa  252  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  39.54 
 
 		 355 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  39.88 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  42.24 
 
 		 355 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  40.17 
 
 		 352 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  39.48 
 
 		 355 aa  249  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  40.56 
 
 		 372 aa  249  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  39.08 
 
 		 355 aa  249  6e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 353 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  38.71 
 
 		 346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  42.18 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  43.1 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  42.67 
 
 		 327 aa  189  5e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  41.89 
 
 		 272 aa  189  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  41.44 
 
 		 269 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  40.85 
 
 		 329 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  37.11 
 
 		 369 aa  166  6.9999999999999995e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  37.11 
 
 		 357 aa  165  9e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  35.69 
 
 		 358 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.59 
 
 		 726 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  35.64 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.2 
 
 		 689 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  36.63 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  35.22 
 
 		 675 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  34.82 
 
 		 675 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  36.13 
 
 		 698 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  37.85 
 
 		 721 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  37.85 
 
 		 694 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  37.33 
 
 		 708 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  35.53 
 
 		 669 aa  155  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  36.1 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  35.05 
 
 		 712 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  37.77 
 
 		 361 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  36.91 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  36.65 
 
 		 721 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.09 
 
 		 699 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  37.07 
 
 		 691 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  37.73 
 
 		 773 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  37.07 
 
 		 728 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  36.17 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  34.77 
 
 		 333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  36.71 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  33.19 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  37.27 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  37.07 
 
 		 407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  36.65 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  36.21 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  32.64 
 
 		 671 aa  107  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  47.83 
 
 		 139 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  31.72 
 
 		 363 aa  102  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  28 
 
 		 347 aa  96.3  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  45.95 
 
 		 130 aa  93.6  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  31.06 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  27.92 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  27.92 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  28.1 
 
 		 347 aa  83.2  0.000000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  31.97 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  46.84 
 
 		 125 aa  73.9  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  37.14 
 
 		 79 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  31.82 
 
 		 256 aa  48.9  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2754  Cytochrome c-like protein  24.41 
 
 		 300 aa  48.1  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0564833  hitchhiker  0.0019216 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3780  hypothetical protein  32.18 
 
 		 269 aa  47.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2192  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 166 aa  47.8  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  37.25 
 
 		 632 aa  47  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1522  hypothetical protein  31.53 
 
 		 276 aa  45.8  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.56386 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1034  hypothetical protein  32.58 
 
 		 271 aa  45.4  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.53712  normal  0.936486 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0844  hypothetical protein  28.04 
 
 		 190 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3130  hypothetical protein  30.69 
 
 		 271 aa  44.3  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0237199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3420  hypothetical protein  35.16 
 
 		 291 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4961  hypothetical protein  28.95 
 
 		 273 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379362  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  25.91 
 
 		 280 aa  44.3  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  32.18 
 
 		 275 aa  43.5  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2157  hypothetical protein  34.41 
 
 		 171 aa  43.9  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.580825  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4372  hypothetical protein  29.06 
 
 		 272 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.692073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1741  cytochrome c, class I  32.26 
 
 		 143 aa  43.9  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1422  hypothetical protein  30.49 
 
 		 177 aa  43.9  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000667886  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  37.25 
 
 		 632 aa  43.5  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.43 
 
 		 325 aa  43.5  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3454  hypothetical protein  33.33 
 
 		 273 aa  43.1  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  39.29 
 
 		 664 aa  43.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4256  hypothetical protein  27.73 
 
 		 272 aa  43.1  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.430021  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2434  hypothetical protein  26.85 
 
 		 269 aa  43.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3126  hypothetical protein  33.33 
 
 		 273 aa  43.1  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>