94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0524 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  100 
 
 		 353 aa  734    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  70.21 
 
 		 352 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  69.08 
 
 		 351 aa  490  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  67.33 
 
 		 351 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3431  cytochrome c, class I  67.05 
 
 		 351 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.237323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0573  cytochrome c class I  67.71 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0568  cytochrome c class I  67.43 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  67.43 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  67.14 
 
 		 355 aa  487  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  66.86 
 
 		 352 aa  486  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  67.16 
 
 		 372 aa  479  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003030  cytochrome c family protein  59.42 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1309  diheme-containing SoxA-like protein  57.43 
 
 		 346 aa  404  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3191  cytochrome c class I  45.72 
 
 		 304 aa  292  6e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  45.59 
 
 		 310 aa  282  7.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3822  cytochrome c family protein  44.21 
 
 		 304 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  43.62 
 
 		 304 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1948  cytochrome c, class I  44.31 
 
 		 304 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.510162  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  43.5 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2757  hypothetical protein  46.78 
 
 		 291 aa  268  7e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0570414  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  47.1 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32540  hypothetical protein  46.46 
 
 		 293 aa  262  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.277482 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  45.97 
 
 		 317 aa  262  6e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4606  cytochrome c, class I  45.73 
 
 		 309 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000163718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  44.15 
 
 		 327 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2378  cytochrome c, class I  42.47 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000643985  hitchhiker  0.0000202689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  44.89 
 
 		 343 aa  232  9e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1184  cytochrome c, class I  37.46 
 
 		 337 aa  216  5e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  39.08 
 
 		 272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  34.04 
 
 		 331 aa  159  7e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4873  cytochrome c class I  33.94 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0353  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 357 aa  159  9e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0320  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 369 aa  159  9e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2608  cytochrome c class I  35.14 
 
 		 361 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  37.16 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1092  cytochrome c class I  33.45 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6947  cytochrome c class I  34.46 
 
 		 358 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  36.23 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  32.99 
 
 		 329 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  34.34 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2825  cytochrome c, class I  32.16 
 
 		 329 aa  139  8.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.137044  hitchhiker  0.000380249 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.15 
 
 		 689 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  32.76 
 
 		 698 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  32.48 
 
 		 675 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  34.56 
 
 		 675 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 669 aa  136  7.000000000000001e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  32.55 
 
 		 773 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2599  cytochrome c family protein  31.58 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.349522  normal  0.253602 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  32.98 
 
 		 721 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  31.89 
 
 		 694 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  32.53 
 
 		 708 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  35.04 
 
 		 712 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  35.04 
 
 		 691 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  32.98 
 
 		 721 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  32.85 
 
 		 728 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  30.71 
 
 		 311 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.22 
 
 		 726 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.12 
 
 		 699 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1496  cytochrome c class I  33.21 
 
 		 308 aa  122  9e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.377921  normal  0.883223 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  33.07 
 
 		 407 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  32.67 
 
 		 407 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2105  cytochrome c, class I  28.81 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  33.06 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  32.82 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  30.43 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2387  hypothetical protein  29.02 
 
 		 671 aa  95.1  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0416918 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1188  cytochrome c, class I  44.25 
 
 		 139 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4179  cytochrome c, class I  28.21 
 
 		 347 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.402721  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2708  cytochrome c, class I  28.22 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.993605  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0075  cytochrome c family protein  26.09 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.667536  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0051  cytochrome c family protein  26.09 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0036  cytochrome c family protein  26.09 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.170219  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0884  cytochrome c family protein, degenerate  50.63 
 
 		 125 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0653  cytochrome c  43.48 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.963006  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1187  cytochrome C  55.17 
 
 		 79 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0885  cytochrome C  32.38 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0855  hypothetical protein  34.12 
 
 		 280 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  34.12 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1149  Pyrrolo-quinoline quinone  35.96 
 
 		 678 aa  51.6  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.261687  normal  0.842615 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3449  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  35.53 
 
 		 263 aa  49.7  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2656  cytochrome c, class I  25.78 
 
 		 213 aa  47  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.964453  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2859  hypothetical protein  31.11 
 
 		 263 aa  46.6  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  30.23 
 
 		 647 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  31.46 
 
 		 632 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0432  hypothetical protein  31.71 
 
 		 284 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0398  cytochrome c family protein, putative  29.55 
 
 		 189 aa  44.3  0.003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  31.25 
 
 		 259 aa  44.3  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  29.46 
 
 		 636 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2863  hypothetical protein  36.84 
 
 		 265 aa  43.9  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  29.17 
 
 		 342 aa  43.9  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  34.34 
 
 		 275 aa  43.1  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  31.76 
 
 		 261 aa  42.7  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0573  cytochrome c, class I  34.07 
 
 		 196 aa  42.7  0.01  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0439994  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  31.82 
 
 		 225 aa  42.7  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>