More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2660 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
319 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  56.03 
 
 
316 aa  308  9e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.61 
 
 
315 aa  299  4e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0940  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.78 
 
 
338 aa  284  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0444198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3222  ABC transporter, permease protein  50.99 
 
 
316 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.77 
 
 
328 aa  265  8.999999999999999e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00770957  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18680  ABC transporter, inner membrane permease component  50 
 
 
318 aa  255  9e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.158207  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3089  nickel ABC transporter, permease protein  47.37 
 
 
316 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2959  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.71 
 
 
316 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
314 aa  235  7e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7174  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  46.03 
 
 
314 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.281542  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
314 aa  230  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4853  putative ABC transporter (permease protein)  45.54 
 
 
314 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0364256  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
319 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.34 
 
 
315 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.586464 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05560  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.1 
 
 
337 aa  209  4e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0332044  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.97 
 
 
318 aa  208  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.589805  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4833  putative ABC transporter (permease protein)  39.74 
 
 
333 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
316 aa  204  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112233  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
332 aa  204  2e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.191743 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
319 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.923467  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
329 aa  202  8e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0558965  normal  0.0907281 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
313 aa  199  6e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
312 aa  195  7e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
323 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
317 aa  194  1e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000398499 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
321 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
309 aa  192  8e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.97 
 
 
307 aa  190  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
324 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
345 aa  186  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3604  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
306 aa  182  7e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
308 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
330 aa  182  8.000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 
325 aa  182  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
336 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
336 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  36.83 
 
 
323 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
313 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
336 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.353707  normal  0.0409254 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.05 
 
 
325 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.21 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
316 aa  179  7e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
356 aa  179  7e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.4442 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.21 
 
 
306 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 
332 aa  178  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
340 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7203  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.11 
 
 
348 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0566155  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  35.28 
 
 
314 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
308 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
306 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
325 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.6 
 
 
313 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.64 
 
 
325 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  36.65 
 
 
327 aa  176  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
322 aa  176  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.28 
 
 
313 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2531  ABC transporter permease  36.42 
 
 
330 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
327 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.21 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1600  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.5 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
327 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
333 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2383  dipeptide ABC transporter  40.07 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.09 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6467  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  35.39 
 
 
309 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00533013  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
307 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 
310 aa  172  7.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.122408 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
311 aa  171  1e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
340 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
341 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
322 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
313 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.1 
 
 
340 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  34.33 
 
 
333 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
313 aa  169  6e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
322 aa  169  6e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
322 aa  169  6e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
322 aa  169  6e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
334 aa  169  7e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
323 aa  168  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.58 
 
 
307 aa  168  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.46 
 
 
315 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
315 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.24 
 
 
326 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.71 
 
 
313 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
324 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
323 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
334 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>