More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2998 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  100 
 
 
518 aa  1060  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  66.41 
 
 
518 aa  733  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  52.32 
 
 
516 aa  574  1e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.26 
 
 
525 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.1 
 
 
523 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.26 
 
 
525 aa  525  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.26 
 
 
525 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  48.35 
 
 
512 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  48.16 
 
 
513 aa  521  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  47.96 
 
 
512 aa  517  1e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  48.05 
 
 
512 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  47.96 
 
 
512 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  46.6 
 
 
512 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  47.96 
 
 
512 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  48.16 
 
 
512 aa  512  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.97691e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  47.96 
 
 
512 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  47.18 
 
 
512 aa  514  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  48.05 
 
 
512 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  48.05 
 
 
512 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  1.06827e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  46.8 
 
 
512 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  47.96 
 
 
512 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  7.67573e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  47.86 
 
 
512 aa  512  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  3.13655e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  47.38 
 
 
514 aa  510  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.71 
 
 
522 aa  508  1e-142  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.81 
 
 
522 aa  506  1e-142  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.32 
 
 
522 aa  504  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  49.9 
 
 
513 aa  497  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  49.9 
 
 
513 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  49.9 
 
 
513 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.9 
 
 
513 aa  497  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.9 
 
 
513 aa  498  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.16 
 
 
514 aa  498  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.9 
 
 
513 aa  497  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.9 
 
 
513 aa  498  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.9 
 
 
513 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.13 
 
 
513 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  494  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.18 
 
 
536 aa  493  1e-138  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  494  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  494  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  494  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.71 
 
 
513 aa  492  1e-138  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  48.25 
 
 
513 aa  493  1e-138  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  47.87 
 
 
515 aa  488  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  46.15 
 
 
514 aa  472  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  46.02 
 
 
514 aa  470  1e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  47.4 
 
 
520 aa  452  1e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  46.72 
 
 
517 aa  441  1e-122  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  46.59 
 
 
519 aa  439  1e-122  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  46.59 
 
 
519 aa  439  1e-122  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  46.82 
 
 
519 aa  439  1e-122  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  46.21 
 
 
519 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  46.96 
 
 
519 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  47.13 
 
 
515 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  44.89 
 
 
521 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  44.7 
 
 
525 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  43.52 
 
 
505 aa  408  1e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  42.25 
 
 
502 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.2 
 
 
502 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.03 
 
 
531 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  42.2 
 
 
502 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  42.2 
 
 
511 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  42 
 
 
511 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.86487e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  42.17 
 
 
502 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  42.05 
 
 
506 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  40.5 
 
 
502 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  41.57 
 
 
510 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  40.5 
 
 
502 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.92 
 
 
532 aa  354  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  36.74 
 
 
527 aa  315  1e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.92 
 
 
541 aa  302  8e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.77 
 
 
540 aa  294  3e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.01296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  47.94 
 
 
313 aa  283  4e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.15 
 
 
539 aa  283  6e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.52 
 
 
532 aa  271  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  32.16 
 
 
525 aa  264  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.81 
 
 
525 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  1.47012e-08 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.43 
 
 
690 aa  254  4e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.03 
 
 
553 aa  253  8e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.03 
 
 
553 aa  253  8e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.45 
 
 
553 aa  252  9e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.45 
 
 
553 aa  252  9e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.45 
 
 
553 aa  252  9e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.97 
 
 
688 aa  252  1e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.26 
 
 
604 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.59 
 
 
636 aa  249  6e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.99 
 
 
553 aa  249  8e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  34.24 
 
 
553 aa  249  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  34.24 
 
 
553 aa  249  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.31 
 
 
495 aa  249  1e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.75 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.67 
 
 
687 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2848  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.82 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0615513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.44 
 
 
522 aa  248  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.77 
 
 
527 aa  247  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.79337e-05 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.56 
 
 
690 aa  246  5e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.49 
 
 
690 aa  244  2e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.49 
 
 
690 aa  244  2e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.51 
 
 
571 aa  244  3e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  41.59 
 
 
537 aa  244  4e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>