59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4068 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  92.41 
 
 		 224 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  79.15 
 
 		 235 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  48.62 
 
 		 217 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 217 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  46.81 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  40.43 
 
 		 229 aa  169  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  41.47 
 
 		 215 aa  164  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  35.45 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  34.43 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  32.57 
 
 		 221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  35.71 
 
 		 216 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  33.18 
 
 		 217 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  33.49 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  43.51 
 
 		 133 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  31.53 
 
 		 237 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  30.05 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  31.46 
 
 		 216 aa  91.7  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  31.46 
 
 		 216 aa  91.7  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 240 aa  88.6  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  30.7 
 
 		 240 aa  88.6  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  30.7 
 
 		 240 aa  88.6  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  27.96 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  29.49 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.1 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  26.46 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  29.96 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  28.5 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  25.11 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  27.4 
 
 		 230 aa  55.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  22.94 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  35.42 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  25.42 
 
 		 221 aa  53.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1406  repressor protein  48.84 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0402463  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  24.88 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 204 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2539  peptidase S24/S26 domain-containing protein  27.89 
 
 		 149 aa  45.4  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692907 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  21.86 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  24 
 
 		 213 aa  45.4  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  41.18 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  23.58 
 
 		 216 aa  45.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  39.06 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 374 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 374 aa  43.9  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 374 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 374 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 374 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 374 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  36.54 
 
 		 291 aa  44.3  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  34.85 
 
 		 374 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  26.87 
 
 		 238 aa  42.7  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  32.76 
 
 		 374 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>