More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4145 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  638    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29440  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 309 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  44.63 
 
 		 310 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 305 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 335 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3513  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 306 aa  229  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2600  hypothetical protein  81.95 
 
 		 145 aa  228  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 328 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.14 
 
 		 305 aa  222  8e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.16 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.54 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.02 
 
 		 293 aa  213  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 317 aa  209  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 296 aa  206  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 313 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  38.23 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 310 aa  203  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 316 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 311 aa  202  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 316 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 316 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  201  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  202  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 292 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 288 aa  199  5e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.83 
 
 		 289 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 327 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 327 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 322 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.9 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.62 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 320 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>