More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2600 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2600  hypothetical protein  100 
 
 		 145 aa  291  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  81.95 
 
 		 315 aa  228  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  44.54 
 
 		 305 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 306 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 306 aa  102  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 306 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29440  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 309 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 335 aa  96.3  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 302 aa  90.5  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 310 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 304 aa  87  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  84.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 304 aa  84.3  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 301 aa  84  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 324 aa  84  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3513  LysR family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 306 aa  82  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 318 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 309 aa  81.6  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 301 aa  81.3  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  81.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 313 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  80.9  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  80.9  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 317 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  39.13 
 
 		 310 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 298 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 298 aa  78.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  31.08 
 
 		 313 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 313 aa  79  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 305 aa  78.2  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 328 aa  78.2  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 310 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 306 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 306 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  32.26 
 
 		 313 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 311 aa  77.4  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 324 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 303 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 311 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 306 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 324 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 302 aa  77  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 309 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 313 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 324 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 305 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 296 aa  77  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  76.6  0.00000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  76.6  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.23 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 330 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 336 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 295 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4265  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.503566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 313 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  32.26 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 315 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 340 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2676  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 323 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.562403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 307 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 302 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 308 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 337 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 315 aa  74.7  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>