More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2324 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  68.28 
 
 		 513 aa  697    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  68.28 
 
 		 513 aa  697    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.28 
 
 		 513 aa  697    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  68.28 
 
 		 513 aa  697    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  77.06 
 
 		 523 aa  826    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.73 
 
 		 513 aa  703    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  74 
 
 		 525 aa  796    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.09 
 
 		 513 aa  691    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  74 
 
 		 525 aa  796    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.28 
 
 		 513 aa  697    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  73.8 
 
 		 525 aa  794    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.73 
 
 		 513 aa  703    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.28 
 
 		 513 aa  697    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.28 
 
 		 513 aa  697    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.73 
 
 		 513 aa  703    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.73 
 
 		 513 aa  703    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  100 
 
 		 522 aa  1065    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.28 
 
 		 513 aa  698    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  95.4 
 
 		 522 aa  1022    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  77.74 
 
 		 536 aa  832    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  66.41 
 
 		 514 aa  699    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  75.67 
 
 		 522 aa  815    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.92 
 
 		 513 aa  705    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  53.31 
 
 		 513 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  52.34 
 
 		 514 aa  545  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  51.17 
 
 		 514 aa  537  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  49.42 
 
 		 518 aa  518  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  49.51 
 
 		 515 aa  520  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  48.74 
 
 		 512 aa  508  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  48.85 
 
 		 512 aa  508  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  49.71 
 
 		 518 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  49.33 
 
 		 514 aa  504  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  48.16 
 
 		 512 aa  504  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  48.16 
 
 		 512 aa  502  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  47 
 
 		 512 aa  504  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  47.78 
 
 		 512 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  47.78 
 
 		 512 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  47.78 
 
 		 512 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  47.78 
 
 		 512 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  47.97 
 
 		 512 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  47.97 
 
 		 512 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  500  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  47.78 
 
 		 512 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  47.49 
 
 		 513 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  46.23 
 
 		 512 aa  485  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  45.44 
 
 		 516 aa  481  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  45.61 
 
 		 520 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  44.87 
 
 		 517 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  44.68 
 
 		 519 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  44.68 
 
 		 519 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  44.87 
 
 		 519 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  44.42 
 
 		 521 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  44.29 
 
 		 519 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  43.97 
 
 		 515 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  44.75 
 
 		 502 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.46 
 
 		 519 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  43.47 
 
 		 525 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  43.24 
 
 		 502 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  43.63 
 
 		 505 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  42.86 
 
 		 502 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.44 
 
 		 531 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.8 
 
 		 502 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  42.8 
 
 		 502 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  43.08 
 
 		 502 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  43.35 
 
 		 506 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 511 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  41.86 
 
 		 511 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  42.08 
 
 		 510 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.89 
 
 		 532 aa  334  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  49.35 
 
 		 313 aa  304  2.0000000000000002e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.03 
 
 		 541 aa  302  1e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  35.87 
 
 		 527 aa  299  8e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.46 
 
 		 540 aa  282  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.08 
 
 		 539 aa  264  4e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 495 aa  257  4e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1825  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.31 
 
 		 336 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.760782  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.79 
 
 		 444 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  43.17 
 
 		 443 aa  254  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.62 
 
 		 604 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1743  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.84 
 
 		 336 aa  250  6e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0362051  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 525 aa  249  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.76 
 
 		 710 aa  249  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2132  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.01 
 
 		 336 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.45 
 
 		 452 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  39.81 
 
 		 696 aa  246  4.9999999999999997e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0172  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 458 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.833234  hitchhiker  0.00415361 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  39.87 
 
 		 461 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.76 
 
 		 481 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 		 466 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.83 
 
 		 495 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 474 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  39.87 
 
 		 461 aa  244  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 469 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  39.87 
 
 		 461 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.87 
 
 		 461 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 454 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  39.87 
 
 		 461 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.88 
 
 		 527 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0670  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.19 
 
 		 464 aa  244  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  39.87 
 
 		 461 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>