274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2909 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.12 
 
 
1012 aa  748  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  100 
 
 
1042 aa  2164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  67.57 
 
 
1072 aa  1486  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  79 
 
 
1044 aa  1717  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.96 
 
 
1067 aa  671  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  67.84 
 
 
1053 aa  1414  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  38.63 
 
 
1059 aa  685  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  39.11 
 
 
1067 aa  693  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  40.32 
 
 
1010 aa  726  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  70.42 
 
 
1033 aa  1510  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.85 
 
 
1111 aa  648  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  37.5 
 
 
1089 aa  634  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.48 
 
 
1042 aa  603  1e-171  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  35.77 
 
 
1061 aa  605  1e-171  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.94 
 
 
1110 aa  598  1e-169  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.63 
 
 
967 aa  587  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.63 
 
 
967 aa  588  1e-166  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.49 
 
 
1084 aa  587  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.19 
 
 
1087 aa  567  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  2.12216e-12 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  33.81 
 
 
1179 aa  563  1e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  33.43 
 
 
1069 aa  460  1e-128  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.44 
 
 
1006 aa  449  1e-124  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.26 
 
 
1070 aa  425  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.75 
 
 
1030 aa  388  1e-106  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.43 
 
 
1029 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  30.4 
 
 
1042 aa  383  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.33 
 
 
1023 aa  379  1e-103  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.88 
 
 
1034 aa  376  1e-102  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.2 
 
 
1045 aa  376  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.38 
 
 
1024 aa  372  1e-101  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.24 
 
 
1052 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.05 
 
 
1053 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.59 
 
 
1079 aa  364  4e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.98 
 
 
1046 aa  363  7e-99  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.1 
 
 
1042 aa  363  9e-99  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.46 
 
 
1028 aa  363  1e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  2.41298e-05 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.38 
 
 
1026 aa  362  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.81 
 
 
1046 aa  360  6e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.39 
 
 
1028 aa  360  8e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.64 
 
 
1060 aa  360  9e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.32 
 
 
1068 aa  359  2e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  31.16 
 
 
1061 aa  358  3e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.72 
 
 
1044 aa  358  4e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.75 
 
 
1074 aa  356  1e-96  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.94 
 
 
1032 aa  356  1e-96  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.71 
 
 
1034 aa  356  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.51 
 
 
1022 aa  355  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.51 
 
 
1022 aa  355  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.27 
 
 
1044 aa  355  2e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.73 
 
 
1032 aa  355  3e-96  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  30.32 
 
 
984 aa  353  1e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  28.76 
 
 
1031 aa  352  2e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.29 
 
 
1070 aa  352  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.98 
 
 
984 aa  352  3e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.58 
 
 
1044 aa  351  4e-95  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.58 
 
 
1045 aa  349  1e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.66 
 
 
855 aa  348  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.84 
 
 
1003 aa  346  1e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.8 
 
 
1000 aa  346  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.89 
 
 
1067 aa  345  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.12 
 
 
1029 aa  345  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29 
 
 
1003 aa  345  3e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.9 
 
 
1040 aa  344  4e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  27.8 
 
 
1051 aa  344  5e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  29.31 
 
 
1040 aa  343  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.77 
 
 
1092 aa  342  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  32.5 
 
 
1210 aa  342  3e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.63 
 
 
993 aa  342  3e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.34 
 
 
1000 aa  340  1e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.5 
 
 
1084 aa  339  2e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.55 
 
 
995 aa  337  5e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  9.57293e-14 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.38 
 
 
1096 aa  331  5e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.8 
 
 
1084 aa  330  7e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.92 
 
 
1107 aa  324  6e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.16 
 
 
1084 aa  323  1e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.2 
 
 
1085 aa  321  5e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.69 
 
 
986 aa  320  7e-86  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  28.99 
 
 
1076 aa  320  1e-85  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.66 
 
 
1020 aa  315  3e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.52 
 
 
981 aa  315  4e-84  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28 
 
 
1108 aa  313  8e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28 
 
 
1108 aa  313  8e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.9 
 
 
1065 aa  312  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.19 
 
 
974 aa  308  4e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28 
 
 
1077 aa  306  1e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.21 
 
 
1046 aa  306  1e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.7 
 
 
965 aa  305  4e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  4.14451e-05 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.48 
 
 
982 aa  301  3e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.98 
 
 
1046 aa  301  4e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.88 
 
 
1068 aa  301  5e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.77 
 
 
1035 aa  300  9e-80  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.09 
 
 
1068 aa  295  2e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.66 
 
 
1041 aa  295  3e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  27.37 
 
 
973 aa  289  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.37 
 
 
973 aa  289  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.69 
 
 
965 aa  288  4e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.2 
 
 
1027 aa  288  6e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.48 
 
 
1075 aa  285  2e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.15 
 
 
1020 aa  285  3e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.09 
 
 
1020 aa  285  3e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>