More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0756 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
364 aa  737    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  62.18 
 
 
354 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  61.89 
 
 
354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  62.92 
 
 
353 aa  442  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  62.92 
 
 
353 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  62.61 
 
 
354 aa  438  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  61.66 
 
 
359 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  60.17 
 
 
359 aa  439  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  62.61 
 
 
354 aa  441  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  58.59 
 
 
356 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  61.7 
 
 
356 aa  434  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  62.08 
 
 
356 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  58.52 
 
 
354 aa  428  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  57.14 
 
 
354 aa  429  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  62.65 
 
 
379 aa  431  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  58.71 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  59.88 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  59.57 
 
 
379 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  57.7 
 
 
355 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  57.19 
 
 
353 aa  402  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  54.74 
 
 
378 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  58.23 
 
 
354 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  57.1 
 
 
361 aa  395  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  57.54 
 
 
357 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  52.27 
 
 
373 aa  378  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  50 
 
 
379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  54.33 
 
 
385 aa  355  8.999999999999999e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  49.57 
 
 
355 aa  352  4e-96  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  45.84 
 
 
377 aa  344  1e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  53.6 
 
 
385 aa  340  2e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  49.87 
 
 
376 aa  339  4e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  48 
 
 
381 aa  338  9.999999999999999e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  50.6 
 
 
383 aa  336  3.9999999999999995e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  52.84 
 
 
384 aa  331  1e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  50.29 
 
 
375 aa  331  1e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  49.59 
 
 
364 aa  330  2e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  49.85 
 
 
383 aa  315  9e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  46.38 
 
 
376 aa  312  6.999999999999999e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  50.75 
 
 
388 aa  306  4.0000000000000004e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  47.13 
 
 
365 aa  296  3e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  45.79 
 
 
365 aa  291  1e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  43.99 
 
 
364 aa  244  9.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  42.86 
 
 
371 aa  242  7e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  38.98 
 
 
385 aa  241  2e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  37.54 
 
 
333 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  36.42 
 
 
332 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.88 
 
 
342 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.88 
 
 
342 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  35.41 
 
 
330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.67 
 
 
351 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  36.13 
 
 
331 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  34.58 
 
 
331 aa  185  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  34.58 
 
 
331 aa  185  9e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  35.45 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  34.68 
 
 
331 aa  184  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  37.65 
 
 
330 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  35.45 
 
 
332 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  37.35 
 
 
330 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  37.35 
 
 
330 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  37.35 
 
 
330 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  37.35 
 
 
330 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  37.35 
 
 
330 aa  182  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  37.35 
 
 
330 aa  182  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.04 
 
 
330 aa  182  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.7 
 
 
342 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  33.15 
 
 
342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  35.71 
 
 
333 aa  179  4.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.86 
 
 
381 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  34.28 
 
 
347 aa  176  5e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  36.73 
 
 
335 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.79 
 
 
342 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  31.76 
 
 
374 aa  171  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.31 
 
 
339 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.95 
 
 
342 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.82 
 
 
344 aa  169  8e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.64 
 
 
342 aa  168  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.26 
 
 
365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.95 
 
 
342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.95 
 
 
342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  31.58 
 
 
359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.33 
 
 
368 aa  167  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.64 
 
 
342 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.64 
 
 
342 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.02 
 
 
350 aa  166  8e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  32.46 
 
 
384 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  32.34 
 
 
333 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  30.99 
 
 
339 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  36.9 
 
 
376 aa  159  7e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.75 
 
 
333 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  33.14 
 
 
372 aa  155  9e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  32.01 
 
 
339 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.16 
 
 
333 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  32.27 
 
 
358 aa  153  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  36.88 
 
 
374 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  31.92 
 
 
352 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  32.42 
 
 
366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  32.78 
 
 
356 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.14 
 
 
335 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.14 
 
 
335 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  34.57 
 
 
369 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>