More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4318 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
592 aa  1173    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.7 
 
 
622 aa  669    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  57.43 
 
 
630 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  60.24 
 
 
605 aa  679    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  62.67 
 
 
610 aa  686    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  81.62 
 
 
593 aa  936    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  63.18 
 
 
610 aa  686    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.75 
 
 
600 aa  563  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.73 
 
 
596 aa  525  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  43.81 
 
 
598 aa  464  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.78 
 
 
608 aa  412  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  43.82 
 
 
608 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.52 
 
 
597 aa  381  1e-104  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.1 
 
 
608 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.6 
 
 
608 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.3 
 
 
609 aa  362  1e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.57 
 
 
601 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  39.68 
 
 
603 aa  353  5e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.32 
 
 
600 aa  348  1e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.96 
 
 
612 aa  345  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.08 
 
 
621 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  38.4 
 
 
592 aa  336  5.999999999999999e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.46 
 
 
592 aa  335  2e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.46 
 
 
592 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.46 
 
 
592 aa  335  2e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  36.54 
 
 
723 aa  320  3.9999999999999996e-86  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  35.52 
 
 
639 aa  308  2.0000000000000002e-82  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  39.33 
 
 
598 aa  307  3e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  31.14 
 
 
590 aa  292  1e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  35.16 
 
 
710 aa  268  2e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  30.56 
 
 
653 aa  253  5.000000000000001e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28 
 
 
545 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 
708 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 
572 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 
512 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 
551 aa  162  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.05 
 
 
518 aa  156  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  31.9 
 
 
512 aa  154  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  29.22 
 
 
501 aa  154  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 
539 aa  153  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.5 
 
 
534 aa  152  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  33.16 
 
 
500 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  33.16 
 
 
500 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  29.19 
 
 
538 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.14 
 
 
534 aa  151  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 
568 aa  151  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 
522 aa  150  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.6 
 
 
516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 
509 aa  148  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  27.75 
 
 
547 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
544 aa  146  9e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  29.6 
 
 
502 aa  145  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 
535 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 
551 aa  145  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  25.23 
 
 
552 aa  144  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.95 
 
 
538 aa  144  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  31.99 
 
 
503 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.77 
 
 
517 aa  141  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.77 
 
 
517 aa  140  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  27.73 
 
 
495 aa  139  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.38 
 
 
517 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.77 
 
 
517 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 
537 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.19 
 
 
517 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 
527 aa  138  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 
509 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  29.37 
 
 
544 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 
538 aa  137  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 
549 aa  137  6.0000000000000005e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  25.6 
 
 
490 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 
518 aa  136  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  27.34 
 
 
546 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.21 
 
 
517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.44 
 
 
517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1548  acyl-CoA synthetase  31.14 
 
 
557 aa  134  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0453148  normal  0.562815 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.87 
 
 
522 aa  134  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 
517 aa  133  7.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  27.38 
 
 
553 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.68 
 
 
522 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0355  putative AMP-dependent synthetase and ligase  26.09 
 
 
559 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476101  hitchhiker  0.000011609 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 
541 aa  132  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2266  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 
545 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.68 
 
 
522 aa  132  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  25.68 
 
 
522 aa  132  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.68 
 
 
517 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.48 
 
 
517 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 
513 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.28 
 
 
535 aa  130  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.11 
 
 
550 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.29 
 
 
505 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  27.39 
 
 
511 aa  128  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 
520 aa  128  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 
521 aa  128  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
498 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  25 
 
 
552 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 
521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  30.93 
 
 
553 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1255  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
506 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  24.61 
 
 
536 aa  127  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 
512 aa  127  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>