More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1180 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
282 aa  576  1.0000000000000001e-163  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  55.16 
 
 
271 aa  319  3e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  54.68 
 
 
275 aa  287  1e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.2 
 
 
269 aa  270  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.52 
 
 
267 aa  268  1e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.72 
 
 
276 aa  263  2e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  45.99 
 
 
286 aa  253  2.0000000000000002e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.32 
 
 
269 aa  253  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.54 
 
 
279 aa  248  6e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  46.32 
 
 
284 aa  244  9e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  46.47 
 
 
269 aa  243  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  44.08 
 
 
292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.48 
 
 
283 aa  236  3e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.13 
 
 
267 aa  230  2e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.88 
 
 
272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.86 
 
 
269 aa  219  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.48 
 
 
279 aa  218  6e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.14 
 
 
275 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.91 
 
 
290 aa  211  7.999999999999999e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  41.75 
 
 
280 aa  208  6e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.86 
 
 
273 aa  202  4e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.66 
 
 
332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  39.79 
 
 
275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.93 
 
 
292 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.81 
 
 
272 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.64 
 
 
304 aa  195  9e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  40.14 
 
 
303 aa  191  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.43 
 
 
280 aa  190  2.9999999999999997e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.71 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.63 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  40.6 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  40.22 
 
 
268 aa  176  3e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  37.14 
 
 
267 aa  176  3e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.23 
 
 
270 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.23 
 
 
270 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.23 
 
 
270 aa  157  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.51 
 
 
275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.78 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.93 
 
 
268 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.56 
 
 
283 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.2 
 
 
266 aa  139  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.93 
 
 
269 aa  139  7.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  32.03 
 
 
288 aa  137  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.47 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.98 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
268 aa  132  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.49 
 
 
266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  30.28 
 
 
279 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  32.1 
 
 
271 aa  125  7e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.8 
 
 
274 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.71 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.58 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  30.91 
 
 
276 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.1 
 
 
274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  33.99 
 
 
226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.23 
 
 
316 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.47 
 
 
269 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
269 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.63 
 
 
269 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.23 
 
 
285 aa  105  7e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.94 
 
 
272 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.23 
 
 
291 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  30.73 
 
 
389 aa  101  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.93 
 
 
269 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30830  rRNA methylase  34.18 
 
 
256 aa  96.3  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0462  RNA methyltransferase  26.15 
 
 
255 aa  94  3e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1425  rRNA methylase  33.51 
 
 
233 aa  90.5  3e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022514  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.96 
 
 
256 aa  89.4  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.35 
 
 
261 aa  89  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33 
 
 
256 aa  89  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
256 aa  89  9e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.96 
 
 
256 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.73 
 
 
264 aa  88.2  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  23.13 
 
 
267 aa  88.6  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0343  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.99 
 
 
249 aa  87.8  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000467154  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  29.9 
 
 
242 aa  85.9  6e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  29.9 
 
 
251 aa  85.1  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  30.93 
 
 
245 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.39 
 
 
248 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.78 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.39 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0340  rRNA methylase  29.23 
 
 
251 aa  84.3  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000065422  hitchhiker  0.000000457527 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.39 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  30.41 
 
 
249 aa  84  0.000000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.64 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4637  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.37 
 
 
262 aa  82.4  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0580801  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.37 
 
 
286 aa  82.4  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1084  RNA methyltransferase  35.66 
 
 
242 aa  82  0.000000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1036  RNA methyltransferase  35.66 
 
 
242 aa  82  0.000000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
178 aa  82  0.000000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  34.69 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  29.9 
 
 
247 aa  81.6  0.00000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0561  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.17 
 
 
254 aa  81.6  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  34.27 
 
 
257 aa  82  0.00000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl258  rRNA methylase  21.71 
 
 
251 aa  80.9  0.00000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000982584  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  23.21 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1908  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.04 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  32.42 
 
 
234 aa  80.9  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.96 
 
 
246 aa  81.3  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  23.83 
 
 
269 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>