105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5124 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_5124  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
141 aa  263  5.999999999999999e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  32.56 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 
138 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
137 aa  57  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
141 aa  57  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
141 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
144 aa  56.2  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
141 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  32.12 
 
 
142 aa  55.5  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  28.35 
 
 
138 aa  56.2  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  26.47 
 
 
136 aa  53.9  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
156 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
140 aa  53.5  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
159 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
142 aa  52.4  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
156 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
156 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
141 aa  52  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
143 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
132 aa  50.4  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.68 
 
 
136 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.798627  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  27.42 
 
 
134 aa  49.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0812  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.41 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
122 aa  49.7  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  30.3 
 
 
143 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.55 
 
 
142 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
140 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
142 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
137 aa  48.9  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.17 
 
 
144 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.15 
 
 
140 aa  47.8  0.00005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.95 
 
 
133 aa  47  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  27.14 
 
 
143 aa  47  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3761  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.54 
 
 
151 aa  46.2  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
131 aa  46.2  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  26.83 
 
 
131 aa  46.2  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.79 
 
 
140 aa  46.2  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.8 
 
 
134 aa  45.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.06 
 
 
135 aa  45.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.58 
 
 
139 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 
141 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3232  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.95 
 
 
146 aa  46.2  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  28.15 
 
 
138 aa  45.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  25.98 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.54 
 
 
147 aa  45.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
154 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
142 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  28.24 
 
 
147 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.81 
 
 
147 aa  44.7  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.8 
 
 
134 aa  44.7  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.85 
 
 
135 aa  44.7  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  26.32 
 
 
138 aa  44.3  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.63 
 
 
204 aa  43.9  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  0.00000194913 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  27.56 
 
 
139 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
136 aa  43.9  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.8 
 
 
134 aa  43.5  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  24.17 
 
 
124 aa  43.5  0.0009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.63 
 
 
136 aa  43.5  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.54 
 
 
149 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
136 aa  43.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.17 
 
 
129 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.43 
 
 
132 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  24.43 
 
 
132 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  21.31 
 
 
134 aa  42.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  28 
 
 
140 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  23.44 
 
 
136 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  26.77 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  28.79 
 
 
146 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  28.79 
 
 
146 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.23 
 
 
148 aa  42.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3669  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
127 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  27.87 
 
 
132 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  21.8 
 
 
134 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.56 
 
 
166 aa  42  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.55 
 
 
143 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.71 
 
 
144 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.37 
 
 
134 aa  42  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1753  TonB system transport protein ExbD1  28.97 
 
 
141 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00438106  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  21.37 
 
 
134 aa  42  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.88 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.99 
 
 
143 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.05 
 
 
135 aa  41.2  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.02 
 
 
156 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.41 
 
 
158 aa  40.8  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  25.81 
 
 
135 aa  40.8  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1808  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.85 
 
 
166 aa  40.8  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.712122  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.72 
 
 
135 aa  40.8  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.8 
 
 
134 aa  40.4  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.31 
 
 
133 aa  40.4  0.008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1466  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.59 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0559794  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.97 
 
 
137 aa  40.4  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.66 
 
 
145 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.9 
 
 
133 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  22.9 
 
 
133 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
140 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>