71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3761 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3761  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 151 aa  310  3.9999999999999997e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3132  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.63 
 
 		 173 aa  157  4e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 		 159 aa  91.7  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.24 
 
 		 138 aa  52  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.44 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  22.56 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  22.56 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  22.56 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3071  hypothetical protein  27.81 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  21.8 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  21.8 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  21.8 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  21.8 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  21.8 
 
 		 149 aa  47  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5124  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.54 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 		 148 aa  46.2  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.67 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  28.67 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.89 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  25.56 
 
 		 177 aa  45.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  25.87 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.61 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0444  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.35 
 
 		 165 aa  44.7  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  26.24 
 
 		 142 aa  44.7  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  25 
 
 		 141 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.06 
 
 		 133 aa  44.3  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  25.53 
 
 		 141 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.06 
 
 		 133 aa  44.3  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.46 
 
 		 141 aa  43.9  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  26.95 
 
 		 173 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  22.14 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.96 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.68 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.03 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  23.12 
 
 		 177 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05242  biopolymer transport protein  28.57 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  24.82 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  24.63 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  24.82 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  25 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  24.82 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  24.82 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  24.82 
 
 		 151 aa  41.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0010  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.5 
 
 		 141 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041719 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  24.82 
 
 		 151 aa  41.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.17 
 
 		 144 aa  41.6  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.95 
 
 		 141 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.21 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.21 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.08 
 
 		 136 aa  40.8  0.007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.88 
 
 		 155 aa  40.4  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  26.06 
 
 		 143 aa  40.4  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  26.06 
 
 		 143 aa  40.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  23.49 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  26.06 
 
 		 143 aa  40.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.19 
 
 		 139 aa  40.4  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  24.11 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 		 146 aa  40.4  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 		 135 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.88 
 
 		 148 aa  40.4  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.492419 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03474  biopolymer transport ExbD1 protein  26.98 
 
 		 129 aa  40.4  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  22.67 
 
 		 141 aa  40  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>