62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3806 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 159 aa  321  2e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3761  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 		 151 aa  91.7  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3132  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.54 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0547  hypothetical protein  33.33 
 
 		 168 aa  57  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.115845  normal  0.111444 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  32.89 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  34.21 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  32.89 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  27.49 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  33.1 
 
 		 158 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.17 
 
 		 166 aa  46.2  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  30.41 
 
 		 142 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  30.41 
 
 		 142 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.7 
 
 		 134 aa  44.7  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 		 134 aa  44.7  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.38 
 
 		 134 aa  44.3  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  30.41 
 
 		 142 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  30.41 
 
 		 142 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  31.97 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.58 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  26.76 
 
 		 136 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  26.9 
 
 		 141 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  28.1 
 
 		 164 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  29.71 
 
 		 139 aa  43.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.79 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  25.85 
 
 		 177 aa  42.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.33 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  28.66 
 
 		 134 aa  43.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3071  hypothetical protein  26.54 
 
 		 166 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  27.22 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  29.45 
 
 		 141 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.49 
 
 		 135 aa  42.4  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.86 
 
 		 148 aa  42  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 		 134 aa  42  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 		 134 aa  42  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 		 134 aa  42  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.19 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  29.58 
 
 		 156 aa  41.6  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 		 134 aa  41.6  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  26.43 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.33 
 
 		 142 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.6 
 
 		 197 aa  41.6  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  30.71 
 
 		 157 aa  41.2  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  25.53 
 
 		 141 aa  41.2  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  26.09 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.39 
 
 		 134 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 		 143 aa  40.8  0.007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.39 
 
 		 134 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.39 
 
 		 134 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 		 174 aa  40.8  0.008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26 
 
 		 141 aa  40.8  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.39 
 
 		 134 aa  40.8  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  25.32 
 
 		 135 aa  40.8  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.81 
 
 		 134 aa  40.8  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  28.57 
 
 		 141 aa  40.8  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.43 
 
 		 150 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  28.77 
 
 		 141 aa  40.8  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.81 
 
 		 141 aa  40.4  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  27.1 
 
 		 141 aa  40.4  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 		 134 aa  40.4  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>