107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0730 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  100 
 
 		 177 aa  353  6.999999999999999e-97  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  87.01 
 
 		 177 aa  317  6e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  81.36 
 
 		 177 aa  300  7.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  79.1 
 
 		 177 aa  289  2e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  70.62 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.48 
 
 		 177 aa  251  3e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  65.91 
 
 		 177 aa  246  8e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  44.07 
 
 		 177 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.68 
 
 		 208 aa  99.4  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  31.28 
 
 		 201 aa  95.1  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.66 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.01 
 
 		 174 aa  82.8  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  45.12 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  45.12 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  39.13 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.92 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  0.00000194913 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.58 
 
 		 174 aa  77.8  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  26.57 
 
 		 208 aa  77.8  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.61 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.11 
 
 		 205 aa  71.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1303  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.29 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  47.69 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  37.18 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.35 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.08 
 
 		 197 aa  57  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.72 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.62 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.44 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.57 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  37.66 
 
 		 175 aa  51.2  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.67 
 
 		 141 aa  50.1  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.48 
 
 		 139 aa  48.9  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.48 
 
 		 139 aa  48.9  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  37.84 
 
 		 135 aa  48.9  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.11 
 
 		 129 aa  48.9  0.00004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.94 
 
 		 141 aa  48.5  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.67 
 
 		 135 aa  48.1  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.11 
 
 		 139 aa  47.8  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  24.14 
 
 		 150 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  24.14 
 
 		 150 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 140 aa  47.8  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.86 
 
 		 136 aa  46.2  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.81 
 
 		 140 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  25.77 
 
 		 154 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.77 
 
 		 154 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.67 
 
 		 134 aa  45.8  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.5 
 
 		 150 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.7 
 
 		 134 aa  45.8  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.78 
 
 		 140 aa  45.4  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  24.71 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.76 
 
 		 136 aa  45.4  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 134 aa  45.1  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.51 
 
 		 136 aa  45.1  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  30.65 
 
 		 145 aa  44.7  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 		 145 aa  44.7  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  34.21 
 
 		 143 aa  44.7  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  34.57 
 
 		 146 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  34.57 
 
 		 146 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  34.38 
 
 		 134 aa  44.7  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  24 
 
 		 150 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  23.56 
 
 		 150 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  30 
 
 		 139 aa  43.9  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  32.11 
 
 		 136 aa  43.9  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 166 aa  43.9  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  31.15 
 
 		 137 aa  44.3  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.1 
 
 		 137 aa  43.9  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.47 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2764  hypothetical protein  27.71 
 
 		 175 aa  43.5  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  32.14 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.1 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  34.04 
 
 		 133 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 		 141 aa  43.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 		 138 aa  43.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3761  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.12 
 
 		 151 aa  43.5  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.42 
 
 		 134 aa  43.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4593  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 132 aa  43.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  36.73 
 
 		 136 aa  42.4  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 		 136 aa  42.7  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2301  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 		 133 aa  42.4  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 		 140 aa  42.4  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 134 aa  42.7  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.6 
 
 		 135 aa  42  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 142 aa  42  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  35.42 
 
 		 135 aa  42  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.24 
 
 		 134 aa  41.6  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 		 152 aa  41.6  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.62 
 
 		 140 aa  41.6  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  44.74 
 
 		 146 aa  41.2  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.42 
 
 		 141 aa  41.2  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1866  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.92 
 
 		 142 aa  41.2  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.838345 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>