110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1962 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  100 
 
 		 177 aa  355  1.9999999999999998e-97  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  87.01 
 
 		 177 aa  317  6e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  80.79 
 
 		 177 aa  297  5e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  80.79 
 
 		 177 aa  290  7e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  70.62 
 
 		 177 aa  264  5.999999999999999e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  68 
 
 		 177 aa  253  7e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  67.43 
 
 		 177 aa  249  1e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  44.63 
 
 		 177 aa  176  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  32.31 
 
 		 201 aa  94.7  6e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.95 
 
 		 208 aa  92  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.16 
 
 		 218 aa  86.3  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.01 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  49.32 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  49.32 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  56.45 
 
 		 174 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.52 
 
 		 174 aa  76.6  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.96 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  0.00000194913 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1303  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.58 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  25.6 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.58 
 
 		 205 aa  67.4  0.00000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  48.33 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.62 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.55 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.63 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  35.9 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.94 
 
 		 178 aa  53.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.94 
 
 		 169 aa  52.4  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.75 
 
 		 179 aa  51.2  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.67 
 
 		 176 aa  51.2  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.85 
 
 		 141 aa  50.1  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.86 
 
 		 129 aa  49.3  0.00003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.32 
 
 		 141 aa  48.9  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  25.44 
 
 		 143 aa  47.8  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  29.29 
 
 		 139 aa  47.8  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  24.69 
 
 		 154 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.69 
 
 		 154 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 		 136 aa  47.4  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  38.96 
 
 		 175 aa  47  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 139 aa  47.4  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.1 
 
 		 135 aa  47.4  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  23.56 
 
 		 150 aa  47.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  23.56 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  34.43 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.51 
 
 		 136 aa  46.6  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  38.1 
 
 		 136 aa  46.6  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  23.56 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.81 
 
 		 140 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 137 aa  47  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.88 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 		 134 aa  46.2  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  23.43 
 
 		 150 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 		 138 aa  45.4  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.94 
 
 		 135 aa  45.4  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.18 
 
 		 139 aa  45.1  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.18 
 
 		 139 aa  45.1  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  33.7 
 
 		 146 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 		 136 aa  45.1  0.0005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  33.7 
 
 		 146 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  32.14 
 
 		 135 aa  45.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  28.81 
 
 		 133 aa  44.7  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.86 
 
 		 137 aa  44.7  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.95 
 
 		 156 aa  44.7  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.3  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.3  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.3  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.3  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.7  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  23.43 
 
 		 150 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  30.65 
 
 		 145 aa  44.3  0.0008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 		 145 aa  44.3  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.3  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.3  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 		 134 aa  44.3  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  35.71 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.5 
 
 		 140 aa  43.9  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.22 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.42 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  32.79 
 
 		 137 aa  43.5  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.75 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  24.64 
 
 		 132 aa  43.5  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  24.53 
 
 		 151 aa  42.7  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 		 133 aa  42.4  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.6 
 
 		 135 aa  42.7  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  35.42 
 
 		 135 aa  42.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.42 
 
 		 135 aa  42  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2764  hypothetical protein  28.05 
 
 		 175 aa  42.4  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.55 
 
 		 136 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.29 
 
 		 140 aa  42  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.24 
 
 		 134 aa  42  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.38 
 
 		 135 aa  41.6  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.93 
 
 		 155 aa  41.6  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.1 
 
 		 150 aa  41.6  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.51 
 
 		 135 aa  41.2  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 		 136 aa  41.2  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  44.74 
 
 		 146 aa  41.2  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>